壹、學位性質不同
1、專業學位：是針對社會特定職業領域的需要，培養具有較強的專業能力和職業素養、能夠創造性地從事實際工作的高層次應用型專門人才而設置的壹種學位類型。
2、科學學位：是進行理論研究，以撰寫理論研究論文為主的，並通過論文答辯被授予的學位。
二、側重點不同
1、專業學位：以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專門技術上受到正規的、高水平訓練的高層次人才。
2、科學學位：按學科設立，其以學術研究為導向，偏重理論和研究，培養大學教師和科研機構的研究人員。
三、培養特點不同
1、專業學位：學術型與職業性緊密結合，獲得專業學位的人，主要不是從事學術研究，而是從事具有明顯職業背景的工作，如工程師、醫師、教師、律師、會計師等。
2、科學學位：重視學術研究，可以全日制也可以在職攻讀。
百度百科-專業學位
百度百科-科學學位