1.血行感染：臨床上，患有糖尿病、白血病、再生障礙性貧血等疾病的患者會因為機體抵抗力下降而導致血行感染，從而引起肛瘺，這也是肛瘺形成的壹個主要原因。
2.肛周膿腫：肛周膿腫是引發肛瘺的主要原因之壹。因為糞便在肛隱窩處滯留就很容易導致肛周膿腫，而患者如果沒有重視的話，肛周膿腫在破潰之後，會在腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，也就形成了瘺管，從而導致肛瘺的發生。
3.
會陰部手術：會陰部手術是指患者內痔註射過深或者是手術後感染，包括產後會陰縫合後感染以及前列腺、尿道手術後感染等等都會波及肛門直腸，從而引起膿腫，形成肛瘺。
4.細菌感染：因為肛管直腸部位是人體的重要通道，因此，細菌就很容易侵入肛隱窩和肛門腺體，從而造成感染發病，引發膿腫，膿腫破潰後就會形成肛瘺。
5.直腸損傷：直腸肛門受到損傷或者是外傷，比如消化道的骨性異物、金屬、肛表以及肛門窺器檢查等損傷到肛管直腸，這樣細菌就很容易侵入傷口從而導致肛周膿腫，如果患者沒有及時治療就會形成肛瘺。