是的，確實只有三集。
首先，這部動畫是壹部以小說為基礎的改編作品。很多時候，這類作品的集數多少取決於原作的篇幅、內容以及制作團隊的計劃。可能原作小說的內容並不足以支撐起更多的集數，或者制作團隊在策劃時只打算制作三集。
其次，有時候動畫的制作也會受到資金、時間等各種實際因素的制約。可能制作團隊在考慮到這些因素後，決定只制作三集。
再者，有些動畫作品可能采用了壹種較為獨特的播出方式，例如：OVA（OriginalVideoAnimation）形式。這種形式的動畫往往不會按照常規的季度播放，集數也可能較為有限。
總的來說，《在蒼色世界的中心》只有三集可能是由於原作內容、制作團隊的計劃以及各種實際因素綜合作用的結果。不過，有時候短篇的動畫也能帶給觀眾深刻的印象和美好的體驗。