在“機場快線旅遊票”中壹程或兩程機場快線單程車程及連續3天無限次乘搭港鐵車程仍然有效期間只限遊客使用，港鐵職員在售票時會按規定檢查旅遊證件，而且在使用時如被檢票員發現以上使用資格問題，乘客會被視作無票乘車，並須繳交附加費港幣500元。
乘客不可享有其他港鐵轉乘優惠及/或港鐵特惠站，及不適用於乘搭輕鐵、港鐵巴士(新界西北)及港鐵接駁巴士，乘客乘搭輕鐵、港鐵巴士(新界西北)及港鐵接駁巴士的車程，會被扣除八達通正價車費。因此乘客若須壹天內無限次乘搭輕鐵、港鐵巴士(新界西北)及港鐵接駁巴士K16線，可能需另購“西鐵線全日通”。
乘客可以享用東鐵線頭等服務，但須繳付頭等額外費。
乘客如往返羅湖站/落馬洲站，會被扣除八達通正價車費。因此乘客若須往/返羅湖或落馬洲站，最好先搭乘東鐵線往/返上水站，出閘等後數分鐘再入站搭乘往/返羅湖或落馬洲站列車。
乘客不可在“機場快線旅遊票”中壹程或兩程機場快線單程車程及連續3天無限次乘搭港鐵車程仍然有效期間以該車票來購買東鐵線全月通和西鐵線全月通，直至用完機場快線單程車程及連續3天無限次乘搭港鐵車程或有效期過後方可以該車票來購買東鐵線全月通和西鐵線全月通。