南通大學的專業主要有：
醫學影像學、自動化、通信工程、軟件工程、口腔醫學、電子科學與技術、環境工程、非織造材料與工程、化學工程與工藝、集成電路設計與集成系統、建築電氣與智能化、輕化工程、電氣工程及其自動化、紡織工程、交通設備與控制工程。
網絡工程、交通運輸、服裝設計與工程、交通工程、機械電子工程、電子信息科學與技術、機械工程、高分子材料與工程、工業設計、電子信息工程、測控技術與儀器、光電信息科學與工程。歷史學、計算機科學與技術、預防醫學、建築學、臨床醫學、土木工程、生物醫學工程、市場營銷、體育教育、應用物理學。
自然地理與資源環境、電氣工程與智能控制、環境科學、會計學、康復治療學、商務英語、生物科學、國際經濟與貿易、旅遊管理、翻譯、生物信息學、漢語言文學、工商管理、地理科學、英語、電子商務、物流管理、日語、思想政治教育、人文地理與城鄉規劃、人力資源管理、漢語國際教育、應用心理學。