1.獨立學院的性質已經明確。
教育部8號文件首次提出了“獨立學院”的概念，並在其第壹條中指出:“本文所稱的獨立學院，是指普通本科院校按照新的機制和模式舉辦的本科層次的二級學院。壹些普通本科院校按照公辦機制和模式設立的二級學院、‘分校’或其他類似的二級機構不屬於此類。雖然所謂的“新機制、新模式”還很模糊，但它所指的是由公共機制組織起來的類似機構，還是很清楚的。
具體來說，“獨立學院”有三個特征:
壹是實行新的辦學機制。獨立學院本質上是公私資本共同參與的普通本科院校，其投資主要由合作方承擔或以公私資本機制籌集，收費標準也是按照國家關於民辦高校招生收費的相關政策制定的。
二是實行新的辦學模式。首次在辦學和管理上提出“五個獨立”，即獨立學院總部相對獨立、具有獨立法人資格、獨立頒發證書、擁有獨立校區、實行獨立財務核算，從而賦予獨立學院確切的內涵。三是實行新的管理體制。獨立學院的管理制度和措施由申請人與合作者協商壹致，雙方的責、權、利關系通過簽訂具有法律約束力的協議予以規範和體現。此外，獨立學院實行董事會領導下的校長負責制。董事會的組成和人選由雙方商定，行長由申請人推薦，董事會選舉產生。
2.具有明顯的轉型期“雙軌制”特征。
為了加強對獨立學院的宏觀管理，教育部從2003年下半年開始對360多所所謂的“二級學院”進行清理和重新登記。經過逐壹審查，100多所“二級學院”被取消資格，其中249所被重新註冊。通過整改，獨立學院的“優”、“新”、“獨立”等特點得到了社會各界的廣泛認可。然而，由於其辦學體制的公共性與運行機制的私人性之間的深刻矛盾，這壹時期獨立學院的發展具有明顯的“雙軌制”特征。
壹方面，這壹時期獨立學院大規模、高速發展，規模和數量急劇增加；
另壹方面，達到“二本”分數線、家庭有支付能力的考生越來越少。這就導致了獨立學院之間激烈的生源競爭。對此，教育部曾於2005年下發通知，對獨立學院招生工作提出了“五不”規定，即獨立學院不得擅自超計劃招生，不得委托任何中介機構組織招生或招生，不得在國家規定的收費項目和標準之外向學生收取任何費用，不得違規降低考生招生標準，不得在專科招生或按“繼續學習”進行培養。為進壹步規範獨立學院辦學行為，教育部還對註冊獨立學院的基本辦學條件、招生和教學工作進行了專項檢查，並通報了檢查結果，對違規問題進行了糾正。
2005年，教育部對湖北省7所獨立學院進行了通報批評，調減了這7所獨立學院當年的招生計劃，並責成省級教育行政部門對存在辦學條件不達標、申辦者和出資者不履行職責等問題的獨立學院進行整改。2006年，教育部停止了6所完全靠租賃土地和教學行政用房辦學的獨立學院2006年的招生資格，限制了38所土地和教學行政用房不達標的獨立學院2006年的招生數量，對189所資產未移交的獨立學院提出了通報批評，對77所因中等職業教育統計報表上報錯誤或學生人數統計錯誤導致辦學條件不符合要求的普通高校提出了通報批評。通過壹系列加強管理和政策引導，獨立學院的自我管理、自我約束和自我約束能力逐步增強。
3.開始向應用型本科教育辦學方向轉型。
我國獨立學院壹般是在申請高校優勢學科和特色專業的基礎上發展起來的，在培養目標和專業設置上與母體高校雷同非常嚴重。據統計，湖北省17省屬高校舉辦的20所獨立學院中，專業與母校相似率達96%以上。13獨立學院，專業與母學院相同。這對於獨立學院成立初期的考生來說是很有吸引力的，尤其是在家長大學頒發學歷文憑的時期。但隨著自授學位的產生，很大壹部分被轉為普通民辦高校，招生中母體高校的“光環效應”逐漸下降或被取消。原有的學科和專業不僅是吸引考生的優勢，也是與母體高校爭奪生源和就業市場的來源。在生存壓力下，許多獨立學院開始轉行或改變辦學方向，打造為區域經濟發展培養應用型本科人才的特色。2008年，教育部發布《獨立學院設置與管理辦法》(簡稱26號令)，提出2013年完成獨立學院改革，為獨立學院指明了繼續作為獨立學院存在、轉民辦學院、撤銷或合並三條“出路”。
1.獨立學院獲得了新的發展基礎。
2008年教育部發布26號令，清理了從1998到2008年困擾人們的壹系列理論和實踐問題，使獨立學院的發展前景更加明朗。
壹、關於獨立學院的性質，教育部26號令第二條明確指出:“本辦法所稱獨立學院，是指與國家事業單位以外的社會組織或者個人合作實施本科教育，使用非國家財政性資金的高等學校。”與教育部8號文件相比，26號令突出了辦學的兩個最基本要求，即“舉辦者”和“經費來源”，從而明確了獨立學院各辦學主體的責任和義務。
其次，關於獨立學院的權益，教育部26號令明確提出，獨立學院應當享受《民辦教育促進法》及其實施條例提出的所有鼓勵和扶持政策，包括專項資金支持、閑置土地租金支持、金融信貸支持、稅收優惠支持、公益事業用地支持、教職工權益保障、家庭經濟困難學生資助等。
再次，關於申辦高校的權益，教育部26號令強調，普通高校對獨立學院投入的校名、知識產權等無形資產，可以按照《民辦教育促進法》及其實施條例的規定，從獨立學院的辦學結余中獲得合理回報；獨立學院使用普通高校的管理資源、師資、課程等教育教學資源，其相關費用也應當按照雙方約定或者國家有關規定納入獨立學院的辦學成本。
第四，關於舉辦者的權益，教育部26號令明確規定，參與設立獨立學院的社會組織或者個人，與普通高等學校壹樣，是獨立學院的舉辦者之壹；獨立學院的投資者可以依法從獨立學院的辦學結余中獲得合理回報。這些規定較好地回答了獨立學院舉辦者能否獲得以及如何獲得“合理回報”的核心問題，有利於吸引更多社會資源投入民辦高等教育。
2.壹個出路就是轉到民辦高校。
教育部“26號令”對已經成立的300多所獨立學院提出了5年的檢查驗收期。在此期間，獨立學院將面臨五種選擇:要麽繼續以獨立學院的形式辦學，要麽“回歸”申辦普通高校，要麽轉為民辦高校，要麽並入其他民辦高校，要麽被取消辦學資格。
其中，對於那些以民間資本為主體的獨立學院，教育部將推動其逐步轉型為獨立的民辦高校。這既是國家宏觀政策的價值取向，也是大多數獨立學院生存發展的必然選擇。事實上，由於本科起點優勢明顯，獨立學院理應成為我國民辦普通本科院校的“孵化器”。在此之前，中國只批準設立了27所私立大學。5438年6月+2008年10月，教育部壹次性批準4所獨立學院轉制為民辦本科院校。2009年6月，又壹所獨立學院成功轉制，實力罕見。
3.要給高校制定標準，指導“轉”工作。
目前教育部規定的五年過渡期已經過了1/5。壹定要按照國家的統壹部署和獨立學院的發展要求，做好檢查驗收的準備工作。因此，必須認真解讀相關政策法規，力爭在規定時限內順利實現從獨立學院向民辦高校的“轉學”。
早在2006年，教育部發布的《關於“十壹五”期間普通高等學校設置的意見》(教發[2006]17號)已經明確提出，“獨立學院可以按照普通高等學校的設置程序，逐步轉變為獨立的民辦普通高等學校。”為此，教育部印發了《普通本科學校設置暫行規定》(教發[2006]18號)，對普通高等學校的設置標準提出了明確要求。2008年，教育部發布“26號令”，進壹步提出了獨立學院的設置標準和管理辦法，這既是國家進行檢查驗收的依據，也是獨立學院自身發展的方向。根據“移交”工作的特殊要求，要特別註意三項規定:
壹是普通高等學校設置標準的要求，包括辦學規模、學科專業設置、師資隊伍、教學科研水平、基礎設施、辦學經費和領導班子配備等。
二、學校名稱必須根據人才培養目標、辦學層次、類型、學科、教學科研水平、規模、領導體制、所在地等來確定。
三是關於“轉”的申請程序，應由學校行政部門委托，邀請規劃、人才、勞動人事、財務、基建等相關部門和專家。進行調查論證，提出論證報告，報國家教育部批準。在此期間，獨立學院必須在有限的時間內努力改善辦學條件，特別是加強基礎設施和師資隊伍建設。同時，要根據學校的發展目標和人才培養要求，積極調整專業設置，完善教學計劃、教學規範和教學管理制度，努力使各項辦學條件達到民辦高校的基本要求。