幾乎是同壹時間，SAS通過線人知道了核彈陷阱，卻來不及通知美軍，只好去俄國抓捕阿拉薩德將軍，好不容易抓住了將軍，隊長接了壹個電話，才發現背後另有黑手——伊姆蘭·紮卡耶夫（俄國激進組織的領導者）。
隊長不禁回憶起和紮卡耶夫的種種恩怨：原來在15年前，隊長還是個新人菜鳥，而紮卡耶夫當時是蘇聯的壹個將軍，準備在切爾諾貝利和壹些反西方組織組織進行某項交易，SAS對此非常重視，命令麥克米蘭上尉帶著隊長去暗殺紮卡耶夫，壹番努力後隊長狙掉了紮卡耶夫，沒想到他竟然沒死。
轉到現在，隊長發現此次抓捕阿拉薩德將軍的任務也是個陷阱，紮卡耶夫不下了重兵要消滅SAS，壹番浴血廝殺後，眾人得以脫離。大夥安全後的第壹件事就是報仇，可是要殺紮卡耶夫並不容易，於是眾人想抓紮卡耶夫的兒子——維克多·紮卡耶夫作為人質，沒想到就在抓捕過程中維克多·紮卡耶夫自殺了。
知道兒子自殺的消息紮卡耶夫怒火中燒，用激進組織控制的前蘇聯基地向美國發射了兩枚帶核彈頭的彈道導彈，眾人只有入侵該基地，解除核彈密碼，壹番廝殺後，解除了核彈危機。在大家返程途中，紮卡耶夫帶上大隊人馬壹路追殺，壹同去的人基本都死光了，最後只剩下主角索普·麥克塔維什中士和身受重傷的隊長，關鍵時候，俄國政府軍的特種部隊援軍到了，在紮卡耶夫壹楞神的功夫，隊長扔給妳壹把手槍，妳把紮卡耶夫給殺了。這裏是激進組織的地盤，政府軍只來得及救妳離開，隊長因為傷勢過重無法移動，被留在了那裏（在6中傷養好了，被關在監獄裏，又給妳救了）。
背景：
故事發生在前作《使命召喚4：現代戰爭》的劇情之後5年。此時，俄羅斯已經被極端民主主義分子控制，紮卡耶夫也被宣傳成了新的俄羅斯英雄。與紮卡耶夫有密切關聯的恐怖主義者弗拉基米爾·馬卡洛夫掌控了俄羅斯激進恐怖組織，世界再次不安定起來。為了應對嚴峻的國際形勢，英國空降特勤隊、美國中央情報局、美國海豹突擊隊等部門聯合成立了“141特戰隊”（141 Task Force），前作的主角“肥皂”則成為141特戰隊的隊長。
美軍劇情：
在美軍劇情中，玩家可以控制三個人。壹位是約瑟夫·艾倫，壹位是詹姆斯·拉米雷斯，另壹位是在空間站裏的宇航員。
遊戲開始時，玩家控制的是隸屬於美國第75遊騎兵團的約瑟夫·艾倫（Joseph Allen），在阿富汗執行行動。後由於其表現優秀，被謝佛德將軍招募加入了141特戰隊，並指定為美國中央情報局潛伏在馬卡洛夫極端組織的臥底。隨後，艾倫在馬卡洛夫的組織下到紮卡耶夫國際機場實行恐怖襲擊，向平民掃射。但隨後艾倫的身份暴露，在從機場撤退時被馬卡洛夫殺死。馬卡洛夫以此為“訊息”（Message），將責任推到美國身上。果然俄羅斯方面在機場事件調查之後認為這起恐怖襲擊與美國有關。之後俄羅斯利用ACS模組（見141特戰隊劇情段落）癱瘓了美軍衛星網絡，並且海陸空三管其下，發動對美國的戰爭。此時，玩家開始控制第75遊騎兵團的二等兵詹姆斯·拉米雷斯（James Ramirez），跟隨福利中士的領導，在華盛頓附近抵抗俄羅斯精銳部隊。戰鬥中，拉米雷斯所在小隊遭到伏擊，陷入危機。此時的視角轉向太空，玩家控制壹名在空間站執行任務的宇航員，在太空中“觀看”了壹枚原子彈高大氣層爆炸的情景（見141特戰隊劇情段落），隨後空間站被原子彈產生的沖擊波擊毀，宇航員也不幸陣亡。而原子彈爆炸後產生的強電磁脈沖（EMP）讓美國東部地區所有電子儀器（包括俄軍的）全部癱瘓。拉米雷斯所在的部隊戲劇性地得救（此時由於EMP襲擊，激光瞄準器等電子產品無法使用）。然而，美國空軍誤以為華盛頓已經失守，準備對華盛頓發動空襲，拉米雷斯的部隊趁俄軍載具癱瘓之際重奪美國白宮，發射了信號彈，使美國空軍終止了空襲任務。
141特戰隊劇情：
在141特戰隊劇情中，玩家可以控制加裏·“小強”·桑德森中士，或是約翰·“肥皂”·塔維什上尉。
141特戰隊的劇情開始於哈薩克斯坦的天山，玩家控制的人物是加裏·“小強”·桑德森中士（以下簡稱小強）和“肥皂”隊長，前往位於天山山脈的壹座俄軍機場，回收人造衛星ACS模組，以防止機密落入敵手。然而俄羅斯還是趕在141特戰隊之前，破解了該模組，並在機場事件後利用模組中的相關資料癱瘓了美國衛星，向美國發動戰爭。141特戰隊判斷，戰爭的主謀是馬卡洛夫，於是開始調查馬卡洛夫的蹤跡。141特戰隊發現了壹個可能與馬卡洛夫有關的軍火商，於是前往巴西，但沒有得到任何有價值的情報。在壹場人質解救行動任務之後，謝佛德將軍要“肥皂”等人去俄羅斯“古拉得”監獄解救壹名罪犯，稱馬卡洛夫十分討厭這名罪犯。在激戰之後，發現原來這名罪犯即《使命召喚4：現代戰爭》的普萊斯上尉，他已經被關在監獄數年之久。“肥皂”歸還了普萊斯的槍（前作中殺死紮卡耶夫的手槍）。在解救成功之後，謝佛德將軍要求141特戰隊繼續追查馬卡洛夫的下落，但普萊斯要求利用極端手段先解決美國和俄羅斯的戰爭，中斷了與謝佛德將軍的聯系。隨後，141特戰隊劫持壹艘俄羅斯的潛艇，並向美國華盛頓高大氣層發射了壹枚戰略導彈。在原子彈爆炸之後，141特戰隊分成兩隊執行任務。壹隊由“肥皂”和普萊斯組成進軍阿富汗，而二隊則由“幽靈”和“小強”聯手調查馬卡洛夫壹座別墅，並截獲了非常重要的情報，但就在撤退之時“小強”被前來接應的謝佛德將軍背叛而殺害，情報也落入了將軍之手。此後鏡頭轉到“肥皂”的部隊，普萊斯和“肥皂”等人在阿富汗的機場遭到了襲擊（包括俄羅斯軍和美軍），最後被來接應的尼古萊（Nikolai）救出。此時，謝佛德將軍將普萊斯和“肥皂”列為了全球通緝犯。普萊斯和“肥皂”終於明白謝佛德將軍是戰爭的壹個幕後黑手，於是決定為“幽靈”和“小強”報仇。他們潛入了謝佛德將軍在的壹個軍事基地，在壹系列激戰之後，謝佛德將軍被身受重傷的“肥皂”飛刀插入頭部致死。隨後尼古萊坐了“小鳥”直升機來接應普萊斯和“肥皂”，並表示要帶他們到個“好地方”，141特戰隊的劇情到此結束。
關於真相：
謝佛德將軍是五年前《使命召喚4：現代戰爭》中負責美軍線行動的總指揮官，也是壹名極端的愛國主義者（類似前作的紮卡耶夫）。在那次原子彈事件，他親眼目睹的幾萬士兵瞬間死亡的情景，美國的形象也受到了很大影響。謝佛德將軍更對在極端組織奪取俄羅斯控制權後美國政府的弱勢態度，以及原子彈事件後美國海外軍隊的窘景感到十分不滿。他決定利用馬卡洛夫來引起戰爭（即美俄大戰），希望在俄羅斯打擊下改變美國現頹廢的現狀且重塑美國的世界霸主形象，然後再想方法鏟除馬卡洛夫。