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正常人的排便感覺是由糞便進入直腸對直腸壁的擴張刺激所引起的。人們習慣每天早上起床後排便，是因為人從臥位轉為直立位後，下端結腸內的糞便進入直腸，因此很自然就能產生排便的感覺。如果每天起床後排便，並養成習慣，那自然就不會發生便秘；但如果在出現排便感覺時經常有意識地去抑制住不排，時間久了，就會使直腸壁對糞便刺激的敏感性下降，便秘就很容易發生。如果糞便滯留在結腸內，由於結腸具有很強的吸收水分的能力，可使糞便變幹硬而進壹步增加排便困難。
此外，經常便秘的人在排便時會產生緊張心理，而心理上越緊張，便秘就越容易發生，形成惡性循環。但功能性便秘是容易糾正的，關鍵在於去除上述各種原因。
器質性便秘是由於腸道疾病引起的，如腸腫瘤、腸梗阻、腸扭轉等，發生器質性便秘時必須盡快去醫院診治。