1、管理部門設置不健全，管理職責劃分不清。疾控中心沒有形成壹套統壹具體的藥品材料管理辦法，部分疾控中心沒有成立專門的疫苗管理機構，疫苗由疾病預防控制業務科室負責采購、儲存、管理、調撥。
2、財務管理意識滯後。疾控中心不存在經營的壓力，對財產物資的管理停留在上級撥入，單位使用的階段，沒有對疫苗進行嚴格的財務管理的意識，導致了工作人員財務管理意識的淡薄，相應的財務管理制度和措施缺失，使疫苗的管理存在漏洞。
3、庫存管理不完善，出入庫手續存在漏洞。疾控中心疫苗采購計劃性較差，沒有統壹的預算和計劃，大部分二類疫苗的采購按照上級下達的接種任務臨時估計采購量，導致疫苗采購入庫後，出現過剩或不能滿足接種需要的情況發生，甚至發生疫苗過期失效的浪費現象。