壹、詢問被害人，收集被害人對涉案信息采取了合理保密措施的證據以及涉密信息具有價值性的證據。
偵查機關在接到報案或是發現案情後，首先向被害人了解案件基本情況，掌握被侵犯的商業秘密的大致情況，要求被害人提供相關資料，以明確該案的涉案信息。
其次，收集犯罪嫌疑人的基本信息以及與被害人的關系方面的資料。此外，偵查機關還會收集被害人對涉案信息采取了合理保密措施的證據，包括被害人對涉密信息在內的信息采取的保密管理制度，可以是保密協議、保密管理制度條例及其執行記錄、對涉密信息的具體保密措施等。涉密信息具有價值性的證據通常為被害人掌握，偵查機關應收集涉案信息給被害人帶來經濟利益、具有實用性的證明材料，例如涉案信息轉讓合同、涉案信息用於盈利產品生產的證明材料等。
二、詢問證人，收集證人證言。
在被害人提出或有關人員願意指證的情形時，及時向證人了解案情。由於侵犯商業秘密罪的行為方式大多具有隱蔽性的特點，壹般人員不易了解到其犯罪行為。但是壹些內部人員如技術人員、涉密信息場所保衛人員等都可能掌握有關案件線索，包括犯罪嫌疑人、作案時間和作案方式等方面的信息，這對於案件的偵查是很重要幫助作用。以上證人證言對於證明涉案信息具有秘密性和管理性起直接證明的作用。
三、勘驗檢查犯罪現場，收集和固定書證、物證和電子證據
商業秘密本身作為壹種無形的信息，其必須借助壹定的載體而存在。侵犯商業秘密的行為，大多對信息載體實施，例如將保險櫃撬開、將涉密信息的文件竊走、對信息進行拍照復制、將商業秘密信息通過電子郵件發送出去或者拷入電腦等。這些行為壹般都會留下犯罪痕跡，同時有些證據對於證明商業秘密構成要件有重要的意義。
例如，標有保密標誌的文件被拆封，文件上留存的犯罪嫌疑人的指紋，涉密信息的密碼程序被破解，計算機日誌文件記錄下來的破解過程記錄等。這些被破壞的保密措施壹方面表明犯罪人實施了犯罪行為，另壹方面還可以證明權利人為保守其商業秘密已經采取了壹定保密措施，籍以證明涉案信息符合商業秘密的管理性特征。
偵查機關除了收集傳統的書證、物證，做好犯罪現場的勘驗檢查記錄外，還應利用計算機、網絡技術侵犯商業秘密犯罪的證據收集，扣押可能存儲了涉案信息復制件的光盤、硬盤，對犯罪嫌疑人在作案期間的電子郵件等計算機通信工具應進行檢查，收集相關通信記錄和發送接受的涉案信息，如果發現有涉案信息的，通知網絡服務者協助給予隔離、收集證據。