親子鑒定的原理基於孟德爾遺傳定律，即孩子身上的遺傳物質壹半來自父親，壹半來自母親。因此，通過比對孩子和父母在某些特定基因座上的基因型，可以確定孩子是否是親生的。
在拿到親子鑒定報告後，首先看檢測結論會顯示兩個樣本是否符合親子關系。親權概率大於99.99％為親生，小於0.01％則為非親生。
在基因座位點列表上，孩子的兩個等位基因必定要有壹個和父親的相同，比如孩子在某個基因座上的等位基因為（17，19），而父親在對應基因座上的等位基因是（16，17）；那他們都有壹個***同等位基因17，說明在這個基因座上是匹配的。只要基因座的STR位點均匹配，那麽可判斷檢測的兩個樣本符合親子關系。
假如孩子某個基因座的數據為（17,24），這個17，父親沒有，母親也沒有，說明這個17來自其他人，也就是說在這個基因座上，被檢父和孩子不符合遺傳定律。其他位點的道理壹樣，通常有三個及以上位點不符合，那麽就可以直接排除他們之間存在親子關系。