根據上述職責，國家人口和計劃生育委員會設9個內設機構：
辦公廳
組織協調重大問題的調查研究、綜合分析和重大事項督查督辦；負責機關文電、會務、機要、檔案工作和信息、安全保密、信訪等工作；負責機關行政事務；承擔聯系兼職委員單位的具體工作。
政策法規司
起草人口和計劃生育法律法規草案和政策建議，組織監督檢查執行情況；承擔行政復議工作；推動完善計劃生育利益導向機制工作。
發展規劃與信息司
研究人口發展戰略；擬訂人口和計劃生育工作的規劃、計劃和政策，承擔相關的監督、評估工作；分析人口發展動態，提出發布人口和計劃生育安全預警預報的建議；承擔人口和計劃生育的信息綜合和計劃生育統計工作；參與國家人口基礎信息庫建設工作；負責人口和計劃生育系統的信息化建設和監督管理工作。
流動人口服務管理司
研究提出促進人口有序流動、合理分布的政策建議；擬訂流動人口計劃生育服務管理工作規劃；研究規範流動人口計劃生育服務管理工作制度；指導地方建立流動人口計劃生育信息***享和公***服務工作機制。
宣傳教育司
擬訂人口和計劃生育宣傳教育工作規劃；組織協調人口和計劃生育宣傳教育工作；組織新聞發布；承擔協調出生人口性別比治理工作。
科學技術服務司
組織實施人口和計劃生育科學研究的總體規劃；擬訂計劃生育技術服務發展規劃並監督實施，協同有關部門降低出生缺陷人口數量；研究和依法規範計劃生育藥具管理制度；推動實施計劃生育的生殖健康促進計劃；承擔依法公布計劃生育技術服務信息工作。
財務司
編制部門預決算；審核提出計劃生育藥具需求計劃；指導、監督人口和計劃生育經費、獎勵扶助經費及社會撫養費的管理使用；編制並組織實施計劃生育技術服務網絡建設規劃及標準；指導、審計直屬單位財務、資產管理工作；負責指導、協調機關及直屬單位基建工作。
國際合作司
承擔國際交流與合作的日常工作；管理人口和計劃生育國際援助項目；承擔人口和計劃生育對外宣傳工作；負責機關和直屬單位的外事工作。
人事司
擬訂幹部隊伍教育培訓規劃並指導落實；指導人口和計劃生育公***服務網絡體系建設；負責機關和直屬單位人事管理及機構編制工作；負責機關離退休幹部工作。
機關黨委 負責機關和在京直屬單位的黨群工作。 中國計劃生育協會
國家人口計生委藥具管理中心
國家人口計生委機關服務局
國家人口計生委科學技術研究所
中國人口宣傳教育中心
中國人口與發展研究中心
中國人口報社
國家人口計生委培訓交流中心
國家人口計生委人口文化發展中心
國家人口計生委人才交流中心
國家人口計生委南京人口國際.培訓中心
中國人口出版社
中國人口福利基金會
中國人口文化促進會
中國人口學會
中國生殖健康產業協會
中國生殖健康家庭保健培訓中心