特種益生菌菌種的上遊產業鏈包括菌種的科研和專利申請、菌種的知識產權保護等。從原料的生產來看，主要包括葡萄糖、蛋白粉、蔗糖等原料的生產。
葡萄糖是壹種有機化合物，是自然界中分布最廣、最重要的單糖。它在生物學領域發揮著重要的作用。它是活細胞的能量來源，也是新陳代謝的中間產物，即生物體的主要供能物質。可作為微生物的碳源，發酵培養基的主要原料，也可作為微生物多糖和有機溶劑的原料。
蛋白粉壹般是將大豆蛋白提純後得到的粉末，可作為特定人群的營養食品補充劑，其氮元素是益生菌菌種培養中的重要成分之壹。
蔗糖是壹種二糖，由葡萄糖的半縮醛羥基和果糖的半縮醛羥基縮合脫水而成。蔗糖是用機器粉碎甘蔗或甜菜，收集糖汁，過濾，漂白，煮沸，結晶而成。作為益生菌培養過程中酵母的營養物質，為發酵過程提供能量。
中遊生產者
特種益生菌菌株的中遊產業鏈包括國外企業如丹尼斯克、森永牛奶、Vallio、Probi，國內企業如科拓生物。主要應用市場集中在歐美。
世界上專用益生菌菌種的主要產地是歐洲、北美和日本。其中，歐洲是最大的產區，2020年產量為1156噸，約占全球總產量的39.38%，其次是北美，市場份額為29.46%，排名第三的日本占12.18%。
下遊客戶
特種益生菌的下遊產業鏈包括乳品公司、膳食補充劑公司和動物飼料公司等。特殊益生菌菌株主要用於功能性食品和飲料中。
機遇和風險
2020年，全球專用益生菌菌種最大的下遊需求市場是功能性食品和飲料，占市場的75.60%，2021年擴大到75.81%。由於大眾對健康飲食的需求日益增長，北京燕京碧芝預測，未來功能性食品飲料行業仍將是特殊益生菌菌種最大的應用市場。