根據上述職責，市住房城鄉建設委(市政府房改辦)設21個內設機構。
(壹)辦公室。
負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、議案、建議、提案、安全保密、政府信息公開、對外聯絡及行政後勤管理等工作；承擔重要文稿的起草工作；承擔機關重要事項的組織和督查工作。
(二)法制處。
負責機關推進依法行政綜合工作；起草住房和城鄉建設方面的地方性法規草案、政府規章草案；負責行政執法工作的監督、指導和協調；承擔行政復議、應訴的有關工作；承擔機關行政規範性文件的合法性審核及有關備案工作；負責法制宣傳工作。
(三)綜合處。
組織編制本市住房和城鄉建設綜合性行業發展規劃，組織重大問題的調研以及綜合性文獻資料的編纂；組織建立行政基礎數據指標體系並實施運行管理與考核；負責本系統統計工作；負責組織編制機關及所屬單位年度預決算，負責機關及所屬單位財務和資產的管理。
(四)中央工程服務處。
負責中央國家機關、駐京部隊和中央企事業單位在京審批類工程項目登記備案，提供建設協調和服務工作。
(五)工程建設管理處。
擬訂本市建築工程施工許可方面的規章制度；負責職責範圍內的建築工程施工許可證的審核發放及監督管理工作；負責區縣建設行政主管部門施工許可工作的監督與指導。
(六)重點工程協調處。
參與重點工程建設的計劃編制，負責重點工程建設的組織協調、綜合調度和監督管理工作；掌握重點工程項目建設動態、前期工作進展及建設過程中的主要問題，並提出解決問題的意見和建議。
(七)建築業管理處。
編制本市建築業發展規劃並指導實施；擬訂建築企業資質管理的規章制度；引導、推動建築業產業結構調整和生產方式轉型；負責對全市建築業企業、工程建設監理企業、工程項目招標代理機構和工程造價咨詢單位等的資質審批和監督管理；負責外埠和境外建築業企業在京的監督管理。
(八)建築市場管理處。
研究制定本市建築市場管理的規章制度；負責分析研究建築市場供求狀況；負責建築市場秩序綜合整治和管理，推進信用體系建設；負責建築市場準入管理；負責建設工程招標投標活動的監督管理；負責建設工程合同簽訂、履約情況的監督管理，協調處理建設工程款結算糾紛；組織制定建設工程造價計價辦法；引導、促進本市建築業企業開拓外埠和境外市場。
(九)工程質量管理處。
擬訂本市建設工程質量管理的規章制度及相關標準；負責建設工程質量管理及監督工作；負責建設工程竣工驗收備案工作；對重大工程質量事故進行調查處理；負責超限高層建築工程抗震設計審批；負責工程建設監理的監督管理；負責建設工程質量檢測機構的資質管理。
(十)施工安全管理處。
研究制定本市建設工程施工安全管理的規章制度；負責安全生產許可證審批和監督管理工作；負責建設工程安全監督備案工作；負責綠色施工的監督管理，組織協調施工現場防汛工作；負責建築起重機械安全使用的監督管理；負責建設工程施工安全事故調查處理；指導區縣施工安全管理工作。
(十壹)建築節能與建築材料管理處。
編制本市建築節能、建築材料的發展規劃並組織實施；制定工程建設中推廣新材料和新設備、淘汰落後產品和工藝的政策措施；負責建材市場監測分析；負責工程建築材料市場準入及使用的監督管理；負責建材供應企業信用管理；負責建築節能、墻體材料革新和散裝水泥發展及管理工作；綜合協調、推進節能省地型住宅建設。
(十二)科技與村鎮建設處。
編制本市住房和城鄉建設科技發展規劃並指導實施；組織重大科技項目攻關，負責科技成果的應用推廣和新技術應用示範工程管理工作；負責工程建設地方(含村鎮)標準的編制及企業工程技術標準的備案；負責村鎮工程建設的指導和技術服務；研究制定農村住房建設、農村住房安全和危房改造相關政策；指導新型抗震節能民居示範工程建設和既有農宅抗震節能改造工作；負責全市農村建築人員的培訓工作。
(十三)物業管理處。
擬訂本市物業服務與管理的規章制度及標準；負責物業管理活動的監督管理；推進物業服務行業發展，負責從事物業管理活動企業的資質、執業資格以及選聘前期物業服務機構的管理工作，組織推廣示範項目；負責監督指導與業主大會有關工作的開展；協調指導住宅專項維修資金管理及使用工作；負責普通地下室安全使用的綜合管理工作。
(十四)房屋安全和設備管理處(房屋防汛辦公室)。
擬訂本市房屋使用安全的政策措施；負責城鎮房屋使用安全的監督管理；負責危險房屋的排險解危治理及抗震加固工作；負責房屋白蟻防治工作；負責組織房屋安全檢查，協調有關房屋防汛工作；負責房屋安全鑒定的管理，擬定房屋修繕標準，負責房屋修繕的監督管理；參與房屋危改區域的確認工作。
(十五)住房制度改革處。
起草本市住房制度改革方面的政策措施並組織實施；擬訂公有住房銷售、租賃政策和除住房公積金以外的住房資金政策，指導住房資金的歸集和使用；擬訂本市國家公務人員住房政策，指導直管公房經營管理體制改革；負責公有住房出售、集資合作建房、實施住房分配貨幣化的管理工作，以及住宅合作社的監督管理；負責指導和監督區縣和市屬單位房改工作，協調中央在京單位和駐京部隊的住房制度改革工作。
(十六)房屋市場管理處。
研究制定本市房屋交易、租賃方面的政策措施；負責房屋交易、租賃市場管理，規範市場行為；負責房屋交易、租賃的統計分析，指導房地產市場管理信息網絡系統建設，定期公布房屋交易、租賃價格信息；負責商品房預售許可、房地產估價機構資質核準工作；負責房地產經紀和估價活動的監督管理。
(十七)房地產開發管理處。
擬訂本市房地產開發管理的政策措施；編制房地產業發展規劃並組織實施；負責房地產開發企業資質及信用方面的管理工作；負責房地產開發項目協調和監督管理，參與房地產開發項目立項核準和年度投資計劃會審；指導和協調區縣房地產開發主管部門的有關工作。
(十八)房屋登記管理處。
擬訂本市房屋登記方面的規章制度；負責對各類房屋登記發證工作進行監督管理；負責本市房屋登記簿、房屋登記檔案的管理和相關信息網絡系統建設工作；負責房產測繪單位測繪資格的初審工作；負責房屋登記代理的管理工作。
(十九)征收拆遷管理處。
擬訂本市房屋征收拆遷方面的政策措施；負責編制房屋征收拆遷年度計劃；負責房屋征收拆遷管理和重大項目征收拆遷的協調工作；負責城市房屋征收拆遷單位資質管理；指導和協調區縣房屋征收拆遷的有關工作。
(二十)應急與信訪工作處。
承擔北京市建築工程事故應急指揮部辦公室工作；負責組織本市建設工程方面應急預案的編制和修訂，協調有關部門、單位開展應急演練與突發事故(件)的預防和處置工作；負責全市建設工程、房屋管理應急宣傳教育、培訓和應急值守管理工作；負責督促、指導、檢查系統各單位開展應急管理工作；負責政風行風熱線、便民信箱的相關工作；負責來信來訪的受理、轉辦、督辦和答復工作。
(二十壹)人事處。
負責機關及所屬單位的人事、機構編制、專業技術職務評定、外事等工作；承擔聯系和管理有關行業協會等社團組織的相關工作。
機關黨委 負責機關及所屬單位的黨群工作。
工會 負責機關及所屬單位的工會工作。
離退休幹部處 負責機關及所屬單位離退休人員的管理與服務工作。
紀檢、監察機構按有關規定派駐。