南京有8所高校為211和985，其中南京大學和東南大學均為985高校和211高校，河海大學、南京理工大學、南京航空航天大學、南京師範大學、中國藥科大學和南京農業為211高校。
南京大學:
南京大學位於古都鐘靈金陵，是壹所歷史悠久、聲譽卓著的百年名校。其前身是三江師範學校，創建於1902。之後歷經兩江師範、南京師範學院、國立東南大學、國立第四中山大學、國立中央大學、國立南京大學等歷史時期，於1950更名為南京大學。目前有二級學科壹級學科8個，國家重點學科13個。
“雙壹流”建設學科15個，江蘇大學優勢學科建設項目三期批準學科19個，江蘇省重點學科18個，本科專業88個，博士學位授權壹級學科40個，二級學科授權博士學位1個(不含壹級學科)。
專業博士學位授權點3個，碩士學位授權壹級學科點4個，專業碩士學位授權點28個，博士後流動站38個，國家基礎學科人才培養基地12個，國家生命科學技術人才培養基地1個。
東南大學:
東南大學，坐落在六朝古都南京，是壹所享譽海內外的高等學府。學校是教育部直屬、與江蘇省共建的全國重點大學。也是“985工程”和“211工程”的全國重點大學之壹。2017東南大學入選世界壹流大學建設A類大學名單。東南大學是壹所以工科為主要特色，涵蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、理學、
工程、醫學、管理、藝術等諸多學科。11個學科入選國家“雙壹流”建設學科名單，5個學科在第四輪學科評估中獲得A+，均位列全國第八；13學科進入ESI世界前1%，其中工科排名15，位列ESI世界十分之壹，計算機科學排名11，位列ESI世界十分之壹。
河海大學:
河海大學是壹所具有100多年歷史的全國重點大學，以水利為特色，以工科為主，多學科協調發展。是壹所實施國家“211工程”重點建設、國家優勢學科創新平臺建設、壹流學科建設和教育部批準設立研究生院的高校。學校設有水文水資源學院、水利水電學院、港口與海岸工程學院、土木與交通學院、環境學院、能源與電力學院、
信息系、力學與材料學院、地球科學與工程學院、農業科學與工程學院、機電工程學院、海洋學院、理學院、商學院、公共管理學院、法學院、馬克思主義學院、外國語學院、體育系、河海裏爾學院(中外合作辦學機構)、大禹學院(拔尖人才培養學院)、遠程與繼續教育學院、國際教育學院。
南京理工大學:
南京理工大學是工業和信息化部直屬的全國重點大學。它坐落在美麗富饒的鐘靈古都南京。現有機械工程學院、化學工程學院、電子工程與光電技術學院、計算機科學與工程學院、經濟管理學院、能源與動力工程學院、自動化學院、理學院、外國語學院、公共事務學院、馬克思主義學院、材料科學與工程學院/格萊特研究院、環境與生物工程學院、
現有設計藝術與傳媒學院、知識產權學院、網絡空間安全學院、智能制造學院、新能源學院等18專業學院，以及錢學森學院、中法工程師學院、國際教育學院、創新創業教育學院、繼續教育學院，與合作夥伴共建南京理工大學紫金學院、南京理工大學泰州科技學院兩個獨立學院。