第壹種情況:“金稅三期個人所得稅代扣代繳系統”未安裝。
首次安裝金稅三期個人所得稅代扣系統，安裝向導操作後進入“②獲取稅務信息”環節。√在下方勾選“啟用按部門上報”，填寫部門編號和名稱，點擊下壹步進入下壹步。
第二種情況:“金稅三期個人所得稅代扣代繳系統”已經安裝。
1.選擇功能菜單→系統設置→系統管理→應用模式設置→多企業模式。然後點擊“保存”按鈕，直到出現提示信息“保存成功”。
2.開通金稅三期個人所得稅代扣代繳系統部門申報功能。
①金稅三期個人所得稅代扣系統功能菜單出現“多企業模式”功能後，選擇“多企業模式”，點擊“添加”。
2.未辦理“三證合壹”的單位，填寫稅務登記證號；已辦理“三證合壹”的單位，應填寫社會信用代碼。點擊“保存”按鈕。
(3)向主管稅務機關備案後，提示“該企業已通過部門備案……”出現，填寫部門編號(設置後不可修改)和部門名稱，然後點擊“保存”按鈕，直到出現“保存成功”信息。
(4)部門申報設置成功後，多企業管理列表中會增加“部門”和“部門申報”垂直項。
金稅三期個人所得稅客戶端軟件安裝:
1.在互聯網地稅局選擇“個人所得稅申報”模塊。
2.系統會自動彈出“重要提示”，30秒後即可關閉。
3.會自動彈出“公告”，點擊“立即升級”按鈕下載安裝軟件。
4.軟件安裝完成後，需要首次註冊“納稅人基本信息”。如實逐項填寫註冊信息後，點擊“保存”按鈕。
5.完成納稅人基本信息後，系統將對納稅人基本信息進行初始化(將現有互聯網地稅局個人所得稅申報系統中的企業職工基本信息導入金稅三期客戶端軟件)。
6.客戶端軟件下載安裝後，桌面出現“金稅三期個人所得稅代扣系統”安裝圖標。