人稱日本警察之救世主的高中生偵探工藤新壹在與青梅竹馬毛利蘭去遊樂園遊玩，在乘坐遊樂園最刺激的項目——雲霄飛車時，壹個人突然被殺害。兇手嫁禍給了被害者，但是壹切都逃不過工藤新壹的眼睛，他發現證據被破了案。他和小蘭壹起離開了遊樂場。但在走的時候，新壹不經意地發現行蹤可疑的黑衣人。工藤新壹於是尾隨跟蹤，並目睹了黑衣人正在進行可疑交易。不料，卻被另壹名黑衣人在背後擊暈，並被強行灌下壹種名為APTX-4869的毒藥，致使身體變小。為了不讓身邊的人受到波及，工藤新壹不得已隱藏了自己還活著的事實。在情急之下，工藤新壹受到《福爾摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道爾”和“江戶川·亂步”名字的啟發，改名為“江戶川柯南”。