浙東運河西起杭州市濱江區西興街道，在經過西興之後進入蕭山區境內，隨後進入柯橋區錢清鎮，與錢清江故道相交。此後運河向東南進入越城區境內，與曹娥江相交。自西興至曹娥江的運河又名“蕭紹運河”。過曹娥江後，運河進入上虞區境內，分為兩支。北側運河又名“虞姚運河”，從曹娥江東岸上虞百官的上堰頭至余姚市曹墅橋連接姚江。
南側運河又名“四十裏河”，自曹娥江至通明壩匯入姚江，另有後新 河、十八裏河並行。此後主河道進入自然河道，在丈亭鎮分出支流稱“慈江”，在寧波市鄞州區高橋鎮大西壩分出支流稱“西塘河”。此後幹流經姚江與奉化江在寧波三江口匯合成甬江，最後在鎮海招寶山東面匯入東海。慈江自西向東，在慈城南面分出支流“剎子港”，在小西壩聯通姚江。慈江幹流經過化子閘改稱“中大河”，此後從江北區進入鎮海區，最後匯入甬江。西塘河向東到達寧波老城望京門，連接護城河和城內水系，並與奉化江相連 。在自然河道形成內外江平行的格局是為了避讓外江潮汐並截彎取直。