東南大學研究生院在四牌樓校區。
四牌樓校區位於六朝古都南京的中心玄武區四牌樓2號，校區東枕鐘山,北臨玄武湖,松檜薈翠,風景秀麗,占地641畝，已建有各類建築61.85萬平方米。現為研究生教育、本科生高年級教育、繼續教育（除醫學學科外）和科學技術研究基地。
東南大學研究生學籍管理規定
為了貫徹國家的教育方針，維護正常的教學秩序，依法治校，加強和完善研究生的學籍管理，促進研究生德、智、體、美全面發展，保證研究生培養質量，依據教育法、高等教育法以及其他法律、法規，特制定本規定。
第壹條
新生應當按規定日期，持入學通知書，攜帶必要證明材料來校辦理入學手續。如因特殊原因，不能按時入學者，應當事前向研究生院請假並附有關證明。請假不得超過兩周。未經請假或請假逾期者，除因不可抗力等正當事由外，取消入學資格。
第二條
新生入學時，經學校指定的二級甲等及以上醫院體檢合格者，準予註冊，並取得學籍。在體檢復查中發現患有疾病不能堅持學習者，經學校指定醫院證明，短期治療不能達到入學標準的，取消入學資格；短期可以治愈的，由研究生院批準保留入學資格壹年，回家或回原單位治療，所有費用自理。
保留入學資格者不具有學籍。待次年新生入學前三個月由本人提出入學申請，並經學校指定醫院復查合格，方可重新辦理入學手續。復查仍不合格或逾期不辦理入學手續者，取消入學資格。
第三條
新生入學後，學校將按招生規定復查。凡屬弄虛作假、徇私舞弊取得學籍者，壹經查實，取消學籍（註：對於在校生，不論何時發現都作取消學籍處理）。
第四條
每學期開學時，研究生須按時到校並在各院（系、所）辦理報到註冊手續。因故不能如期報到註冊者，必須履行暫緩註冊手續，批準後方為有效。未繳納學費或其他不符合註冊條件的不予註冊。無正當理由未履行暫緩註冊手續不按時註冊超過2周的，視為自動退學。