產地檢疫是在有害生物發生高峰期進行產地調查與檢驗，壹般在植物生長期間要進行多次，更易於發現疫情；口岸檢疫壹般是在通關口岸經取樣、制樣後進行實驗室檢驗，但在取樣過程中會因主觀或客觀原因導致樣品中沒有有害生物或有害生物個體較少造成漏檢。另外，口岸檢疫壹般只能得到有害生物的某個生活史階段，如害蟲的卵，這對有害生物的鑒別或檢驗造成壹定困難。
產地檢疫和口岸檢疫二者之間互為補充，缺壹不可。在客觀條件允許的條件下，盡量實施產地檢疫，這有利於提高檢疫效率，更好地為經濟貿易服務；口岸檢疫可有效防止植物或植物產品在利用運輸工具遠距離調運途中因經過疫區或第三國而導致攜帶危險性有害生物的危險。