標記基因通常用來檢驗重組DNA載體轉化成功與否，或者檢測目的基因在植物細胞或組織中的定位。常用的標記基因是壹些抗生素抗性基因，如卡那黴素抗性基因、潮黴素標記基因等。
如：某種具有氨芐抗性基因質粒（該基因即可認為標記基因），與外源DNA片段組合形成重組質粒，並被轉入受體細胞後，就可以根據受體細胞是否具有氨芐抗性來判斷受體細胞是否獲得了目的基因。當用選擇培養基（比如含有氨芐的培養基），來培養受體細胞時，能夠在培養基中存活下來的受體細胞就可以認為是成功的導入了外源DNA，標記基因就起作用了。
作為報告基因，在遺傳選擇和篩選檢測方面必須具有以下幾個條件：(1)已被克隆和全序列已測定；(2)表達產物在受體細胞中不存在，即無背景，在被轉染的細胞中無相似的內源性表達產物；(3)其表達產物能進行定量測定。目前常用的報告基因有氯黴素乙酰轉移酶基因(cat)、熒光素酶基因(luc)、β-葡萄糖苷酸酶基因(gus)、分泌型堿性磷酸酶基因(seap)、綠色熒光蛋白基因(gfp)等。