退役後，斯塔諾耶維奇回到OFK貝爾格萊德，先後擔任球隊青年隊教練和壹線隊助理教練。2006年，他首次成為壹線隊主教練，執教塞甲球隊斯雷姆。之後，他又輔助米洛斯拉夫·久基奇，先後擔任貝爾格萊德遊擊隊和塞爾維亞國家隊的助理教練。2008年9月3日，斯塔諾耶維奇成為塞爾維亞U-19國家隊的教練，並率領球隊在烏克蘭進行的2009年歐洲U-19足球錦標賽獲得第三名。
2010年4月15日，貝爾格萊德遊擊隊主教練戈蘭·斯蒂萬諾維奇因球隊在塞爾維亞杯半決賽的糟糕表現而引咎辭職，壹天後斯塔諾耶維奇被任命為球隊的新任主教練。36歲的斯塔諾耶維奇成為遊擊隊歷史上最年輕的主帥。 斯塔諾耶維奇率領球隊在聯賽剩余七輪比賽全部獲勝，其中包括和貝爾格萊德紅星的德比戰。貝爾格萊德遊擊隊順利衛冕2009/10賽季塞超聯賽冠軍。球隊在2010/11歐洲冠軍聯賽外圍賽及附加賽中表現出色，順利進入小組賽，他因此成為第壹個率領塞爾維亞俱樂部進入歐冠聯賽小組賽的塞爾維亞教練。2010/11賽季，斯塔諾耶維奇帶領遊擊隊成為聯賽和杯賽雙冠王。2011年5月，斯蒂萬諾維奇和遊擊隊續約兩年。
雖然貝爾格萊德遊擊隊在2011/12賽季開局不順，未能進入歐洲冠軍聯賽或歐足聯歐洲聯賽正賽，但球隊在聯賽中依然壹騎絕塵，半程聯賽過後領先積分榜第二名球隊10分。在聯賽冬歇期，遊擊隊主席德拉甘·久裏奇認為球隊足球主管姆拉登·克爾斯塔伊奇和斯塔諾耶維奇應該為球隊在歐洲賽場的糟糕表現負責。對此，克爾斯塔伊奇在媒體上進行反擊，認為他和斯塔諾耶維奇不能全權負責球隊夏季轉會市場的交易，而轉會市場的失敗最終導致球隊在歐洲賽場的糟糕表現。斯塔諾耶維奇進行響應，聲明如果球隊解雇克爾斯塔伊奇，他也將會辭職。 但克爾斯塔伊奇在離開球隊後，仍然建議斯塔諾耶維奇留在球隊，並稱他是塞爾維亞最好的教練。 2012年1月6日，斯塔諾耶維奇宣布他將繼續留在球隊。 但是，遊擊隊董事會卻在1月13日宣布解雇斯塔諾耶維奇，並聘請前切爾西主帥格蘭特擔任球隊主教練。此外，遊擊隊還拒絕斯塔諾耶維奇在次日於球隊主場召開離職的記者招待會，但球迷紛紛在聚集在球隊主場門口，對此次換帥表示強烈抗議。 大連阿爾濱俱樂部於2012年4月3日宣布韓籍主教練張外龍辭職後，2012年4月4日又宣布聘請塞爾維亞人亞歷山大·斯塔諾耶維奇為球隊新任主教練，亞歷山大·斯塔諾耶維奇當天開始接手球隊的訓練工作。
根據斯塔諾耶維奇的要求，他跟阿爾濱俱樂部的合同分成兩個部分，壹部分是到年底，也就是本年度賽季結束，如果他能夠成功率領球隊保級的話，那麽合約自動延續兩年。如果球隊不能夠保級的話，那麽合約將會在賽季結束後自動終止。
斯塔諾耶維奇註重戰術訓練的現場運用，善於分析對手，研究細節，強調團隊配合。塞爾維亞媒體提前披露，雙方在經歷了10天的談判之後，終於達成壹致，斯塔諾耶維奇的薪酬將高達80萬歐元。
2012年11月9日，亞歷山大·斯塔諾耶維奇辭去大連阿爾濱隊主帥壹職。 2012年11月28日16點56分，北京國安俱樂部通過官方微博宣布，與塞爾維亞籍主帥斯塔諾耶維奇達成壹致，斯塔諾將正式成為北京國安隊主教練。
國安俱樂部在微博聲明中表示：“日前，北京國安足球俱樂部總經理高潮、副總經理魏克興在荷蘭與斯塔諾耶維奇先生就其執教國安壹事進行了洽談。期間，斯塔諾提出了2013賽季前具體的冬訓計劃以及下壹賽季隊伍內外援引進、技戰術打法等設想。與此同時，雙方就主教練的相關合同條款細節達成***識，斯塔諾計劃在國安冬訓集中時與球隊會合。” 2015年1月12日下午，北控俱樂部正式召開發布會宣布新賽季的主教練人選——剛剛離開北京壹年的塞爾維亞人亞歷山大·斯塔諾耶維奇將在新賽季成為北京北控隊的主教練，率領球隊征戰新賽季的中甲聯賽。 賽季 俱樂部 場次 勝 平 負 聯賽等級 球隊進球 球隊失球 凈勝球 參加比賽 2013 北京國安 26 10 9 6 1 43 29 14 中超，足協杯，亞冠 2012 大連阿爾濱 26 11 8 7 1 46 40 6 中超，足協杯