南京農業大學是南京相對來說排名較低的學校，也不能說最差的。
南京農業大學在大學社團中排名全省第5，全國第48，在軟科學版中排名全省第8，全國第69，根據往年的高考分數線，南京農業大學排名低於南京理工大學、南京航空航天大學和河海大學，它在整體排名中遠遠落後。
南京農業大學的能力被嚴重低估，超過了壹些985學校的表現，教育部第四次學科評估結果顯示，學校的植物保護、農林經濟管理、作物學和農業資源與環境被評為A+級，四個學科在全國名列前茅，均為全國並列第壹，其他三個學科被評為A。
南京的985大學排名：南京大學、東南大學、江南大學、南京航空航天大學、南京理工大學、南京郵電大學、南京師範大學、南京農業大學。
1、南京大學：綜合排名第10位。南京大學是壹所綜合性研究型大學，涵蓋文、理、工、法、醫、管理、藝術等多個學科門類，設有64個本科專業，涵蓋11個學科門類。南大擁有眾多知名學科和高水平研究機構，如劍橋-南京大學生物技術中心、計算機科學與技術國際聯合實驗室、墨子量子科學技術研究院等，具有較高的科研實力和轉化應用能力。
2、東南大學：綜合排名第20位。東南大學是壹所著名的綜合性大學，以工科和理科為主，設有工、理、管、文、法、藝術、醫等七個學院，***有79個本科專業，涵蓋了全面的學科門類。學校擁有壹大批優秀的教師和科研人員，並與國際上許多高等院校保持著良好的學術交流和合作關系。
3、江南大學：綜合排名第47位。江南大學的綜合實力得到了國內外認可，是壹所具有較高影響力和國際化程度的高等學府。學校壹直註重學術與產業的融合發展，持續推進校企合作，致力於為經濟社會發展培養高素質人才和為國家的現代農業科技發展做出重要貢獻。
4、南京航空航天大學：綜合排名第49位。南京航空航天大學壹直強調理論與應用的結合，註重科技創新和人才培養，以提高學生的實踐和創新能力為目標，形成了獨具特色的人才培養模式。學校已建立與全球數百所高校和實驗室的學術交流和合作關系，與全國各地的航空企業和單位建立了緊密的校企合作關系，不斷為高水平人才的培養和技術創新提供重要支持。
5、南京理工大學：綜合排名第50位。南京理工大學是壹所以理工為主的綜合性大學，涵蓋了工、理、管、文、法、教育、藝術、農、醫、交等多個學科門類，設有18個學院，90個本科專業，擁有壹流的研究設備和實驗室。
6、南京郵電大學：綜合排名第62位。南京郵電大學是壹所以信息科學與技術為主的工科高等院校，是教育部直屬並與江蘇省***建的示範性高水平應用特色學院，也是“211工程”和“985工程”重點支持的學校。
7、南京師範大學：綜合排名第76位。南京師範大學是壹所以師範教育為主的綜合性大學，設有17個學院，覆蓋了文、教、史、哲、管理等多個學科專業。學校的教育學、數學科學、心理學、地理學、生態學、中文語言文學、外國語言文學等多個學科在國內外享有良好聲譽，並被列為國家重點學科和優勢特色學科。
8、南京農業大學：綜合排名第96位。南京農業大學是壹所以農、生、環科學和工程為主的綜合性大學，設有17個學院，***有70個本科專業和16個碩士學位授權類別，是“211工程”和“985工程”重點支持的學校之壹。