根據上述職責，住房和城鄉建設部設15個內設機構：
(壹)辦公廳。
負責文電、會務、機要等機關日常運轉工作;承擔信息、安全、保密、新聞宣傳、政務公開和信訪等工作;按照國家檔案行政主管部門的要求，指導城市建設檔案工作。
(二)法規司。
組織起草法律法規草案和部門規章；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；指導住房和城鄉建設普法、行政執法、行政執法監督、行政復議和行政應訴。
(三)住房改革與發展司(研究室)。
擬訂適合國情的住房政策；指導住房建設和住房制度改革；組織編制全國住房建設規劃和年度計劃並指導實施；研究分析住房和城鄉建設的重大問題；起草綜合性文稿。
(四)住房保障司。
擬訂住房保障政策並指導實施；承辦中央廉租住房資金安排的有關事項；組織編制住房保障發展規劃和年度計劃並監督實施。
(五)城鄉規劃司。
擬訂城鄉規劃的政策和規章制度；組織編制和監督實施全國城鎮體系規劃；指導城鄉規劃編制並監督實施；指導城市勘察、市政工程測量、城市地下空間開發利用和城市雕塑工作；承擔國務院交辦的城市總體規劃、省域城鎮體系規劃的審查報批和監督實施;承擔歷史文化名城(鎮、村)保護和監督管理的有關工作；制定城鄉規劃編制單位資質標準並監督實施。
(六)標準定額司。
組織擬訂工程建設國家標準、全國統壹定額、建設項目評價方法、經濟參數和建設標準、建設工期定額、公***服務設施(不含通信設施)建設標準；擬訂工程造價管理的規章制度；擬訂部管行業工程標準、經濟定額和產品標準，指導產品質量認證工作；指導監督各類工程建設標準定額的實施；擬訂工程造價咨詢單位的資質標準並監督執行。
(七)房地產市場監管司。
承擔房地產市場的監督管理；擬訂房地產市場監管和穩定住房價格的政策、措施並監督執行；指導城鎮土地使用權有償轉讓和開發利用工作；提出房地產業的發展規劃、產業政策和規章制度；擬訂房地產開發企業、物業服務企業、房屋中介的資質標準並監督執行；組織建設並管理全國房屋權屬信息系統。
(八)建築市場監管司。
擬訂規範建築市場各方主體行為、房屋和市政工程項目招標投標、施工許可、建設監理、合同管理、工程風險管理的規章制度並監督執行；擬訂工程建設、建築業、勘察設計的行業發展政策、規章制度並監督執行；擬訂建築施工企業、建築安裝企業、建築裝飾裝修企業、建築制品企業、建設監理單位、勘察設計咨詢單位資質標準並監督執行；認定從事各類工程建設項目招標代理業務的招標代理機構的資格。
(九)城市建設司。
擬訂城市建設和市政公用事業的發展戰略、中長期規劃、改革措施、規章;指導城市供水、節水、燃氣、熱力、市政設施、園林、市容環境治理、城建監察等工作；指導城鎮汙水處理設施和管網配套建設；指導城市規劃區的綠化工作；承擔國家級風景名勝區、世界自然遺產項目和世界自然與文化雙重遺產項目的有關工作。
(十)村鎮建設司。
擬訂村莊和小城鎮建設政策並指導實施；指導鎮、鄉、村莊規劃的編制和實施；指導農村住房建設、農村住房安全和危房改造；提出進城定居農民的住房政策建議；指導小城鎮和村莊人居生態環境的改善工作；組織村鎮建設試點工作，指導全國重點鎮的建設。
(十壹)工程質量安全監管司。
擬訂建築工程質量、建築安全生產和建築工程竣工驗收備案的政策、規章制度並監督執行；組織或參與工程重大質量、安全事故的調查處理；組織擬訂建築業、工程勘察設計咨詢業技術政策並監督執行；組織工程建設標準設計的編制、審定和推廣；組織編制城鄉建設防災減災規劃並監督實施；擬訂各類房屋建築及其附屬設施和城市市政設施的建設工程抗震設計規範。
(十二)建築節能與科技司。
擬訂建築節能的政策和發展規劃並監督實施；組織實施重大建築節能項目。指導房屋墻體材料革新工作；組織擬訂住房和城鄉建設的科技發展規劃和經濟政策；組織重大科技項目研究開發；組織國際科技合作項目的實施及引進項目的創新工作，指導科技成果的轉化推廣。
(十三)住房公積金監管司。
擬訂住房公積金政策和發展規劃並組織實施;制定住房公積金繳存、使用、管理和監督制度；監督全國住房公積金和其他住房資金的管理、使用和安全；管理住房公積金信息系統。
(十四)計劃財務與外事司。
組織編制住房和城鄉建設的行業發展規劃；參與研究建設領域財稅價格政策；管理部信息統計工作；負責機關各項資金和國有資產的管理和使用；監督直屬單位、部管社會團體的財務和國有資產的管理；承擔住房和城鄉建設行業的國際交流合作和外事工作。
(十五)人事司。
承擔機關和直屬單位的人事及機構編制管理事項；組織制定行業職業標準、執業資格標準、專業技術職稱標準；按規定承擔組織擬訂高等院校建設類專業的教育標準和評估標準。
機關黨委：負責機關和在京直屬單位的黨群工作。
離退休幹部局：負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。