1、主體不同：
（1）就業協議適用於應屆畢業生與用人單位、學校三方之間，學校是就業協議的鑒證方或簽約方，就業協議對用人單位的性質沒有規定，適用任何單位；
（2）而勞動合同只適用於勞動者與用人單位之間，與學校無關；
2、內容不同；
（1）畢業生就業協議的內容主要是畢業生如實介紹自身情況，並表示願意到用人單位就業、用人單位表示願意接受畢業生，學校同意推薦畢業生並列入就業方案，而不涉及畢業生到用人單位報到後，應享有的權利義務；
（2）勞動合同的內容涉及勞動報酬、勞動保護、工作內容、勞動紀律等方方面面，更為具體，勞動權利義務更為明確；
3、時間不同：
（1）壹般來說就業協議簽訂在前，就業協議應在畢業生就業之前簽訂；
（2）而勞動合同往往在畢業生到用人單位報到後才簽訂；
4、目的不同：
（1）就業協議是畢業生和用人單位關於將來就業意向的初步約定，是對雙方的基本條件以及即將簽訂的勞動合同的部分基本內容的大體認可，並經用人單位的上級主管部門和高校就業部門同意；
（2）勞動合同是約束用人單位和員工之間的；
5、適用法律不同：
（1）就業協議發生爭議，除根據協議本身內容之外，主要依據現有的畢業生就業政策和法律對合同的壹般規定來加以解決，尚沒有專門的壹部分法律對畢業生就業協議加以調整；
（2）而勞動合同發生爭議，應依據規定的法律來處理。
法律依據：《中華人民***和國勞動合同》第十六條
勞動合同是勞動者與用人單位確立勞動關系、明確雙方權利和義務的協議。
建立勞動關系應當訂立勞動合同。
第十七條
訂立和變更勞動合同，應當遵循平等自願、協商壹致的原則，不得違反法律、行政法規的規定。
勞動合同依法訂立即具有法律約束力，當事人必須履行勞動合同規定的義務。