1. 功能需求不同：中小企業OA系統以協同辦公、工作流程管理、知識管理等功能為主，主要服務於企業內部的管理與協作；而政府OA系統則需要滿足政務公開、公文管理、行政審批、信息安全等多個方面的要求，主要服務於政府各級部門之間的信息交換和管理。
2. 安全性要求不同：政府OA系統需要更加嚴格的信息安全保障措施，例如密級管理、身份認證、數據備份等等；而中小企業OA系統對信息安全要求相對較低，但也需要壹定的安全保護機制。
3. 系統集成情況不同：政府OA系統需要與其他政府信息系統進行集成，例如人事管理系統、財務管理系統等等；而中小企業OA系統則需要與企業自身的其他信息系統進行集成，例如ERP系統、CRM系統等等。
4. 用戶群體不同：政府OA系統面向的是政府機關工作人員，需要考慮用戶數量較大、技能水平參差不齊的情況；而中小企業OA系統則面向的是企業內部員工，用戶數量相對較少、技能水平較高，使用門檻相對較低。
總之，中小企業OA系統和政府OA系統在功能需求、安全性要求、系統集成情況和用戶群體等方面存在差異，需要根據具體場景進行定制化設計和實施。