定義不同：醫保是在職員工和居民在患病時，提供目前他們能夠支付的起的壹種醫療技術，而公費醫療是向特定的壹些工作人員提供的免費醫療及預防的社保制度。
覆蓋人群不同：公費醫療只限於公務員。醫保是在職員工、農民、學生、小孩都涵蓋在內。
保障範圍不同：公費醫療的保障比醫療保險的保障範圍更大，報銷比例更高。公費醫療是由單位承擔費用，報銷比例是百分之百，醫保在規定的範圍內執行報銷比例。
總的來說，公費醫療的報銷範圍更廣，報銷比例更高，費用由單位負擔，但能享受到的人員有限。醫保覆蓋人群廣，但報銷比例有限。
《公費醫療管理辦法》
第二條公費醫療制度是國家為保障國家工作人員身體健康而實行的壹項社會保障制度。國家通過醫療衛生部門向享受人員提供制度規定範圍內的免費醫療預防。
第六條屬於享受公費醫療待遇的人員：
壹、各級國家機關、黨派、人民團體由國家預算內開支工資的、在編制的工作人員。
凡經費自理或實行差額補助的各級各類學會、協會、研究會、基金會的工作人員不享受公費醫療。
二、各級文化、教育、科學、衛生、體育、經濟建設等事業單位由國家預算內開支工資的、在編制的工作人員。
凡實行差額預算管理(不含全民所有制的醫院)和自收自支管理的事業單位的工作人員及上述壹、二款所列單位的臨時工、季節工、學校的兼職代課教員不享受公費醫療。