北京二本院校排名前三如下：
1、北京中醫藥大學
北京中醫藥大學簡稱“北中醫”，位於北京市，是中華人民***和國教育部直屬的以中醫藥學科為特色的全國重點大學，由教育部、國家衛生健康委員會、國家中醫藥管理局、北京市***同建設，是國家“雙壹流”建設高校。
2、首都經濟貿易大學
首都經濟貿易大學（Capital University of Economics and Business），簡稱“首經貿”，位於北京市，為北京市屬重點大學、京港大學聯盟成員，入選國家建設高水平大學公派研究生項目、國家“特色重點學科項目”建設高校、國家生態文明教育基地、國家級大學生創新創業訓練計劃、中國政府獎學金來華留學生接收院校。
3、北京工商大學
北京工商大學（Beijing Technology and Business University），簡稱北工商，是北京市重點建設的研究型大學，博士學位授予單位，入選卓越農林人才教育培養計劃、中國政府獎學金來華留學生接收院校、北京高校高精尖學科建設項目。
為京津冀高校商科類協同創新聯盟成員、全國區域金融論壇發起單位、中國金融學年會理事單位，全國第壹所食品科學與工程專業通過美國食品科技學會和國際食品科學技術聯盟國際雙認證的高校。