1、種糧農民難以完全享受到政策實惠。對流通環節進行補貼，最終目的是為了保護好農民利益，調動農民種糧積極性，穩定和發展糧食生產。但通過補貼流通環節以補貼農民的做法，在操作上往往難以完全落實到位，政策容易打折扣；
2、財政補貼效率較低。國外經驗表明，支持流通環節的價格補貼政策，補貼效率相對較低。據經合組織測算，發達國家價格政策的補貼效率僅僅為25%，即補貼4元錢，農民得到的只有l元。我國在流通環節補貼效率也相對較低，結果國家花了錢，效果還不明顯；
3、糧食流通不暢。我國傳統保護價敞開收購政策在促進糧食大幅增產的同時，也帶來糧食的大量積壓，使得順暢流通和順價銷售陷入困境，迫使國家只能降價銷售或不斷調低保護價格水平，最終農民利益還是不能得到有效保護。
法律依據：《中華人民***和國農業法》第三十七條
國家建立和完善農業支持保護體系，采取財政投入、稅收優惠、金融支持等措施，從資金投入、科研與技術推廣、教育培訓、農業生產資料供應、市場信息、質量標準、檢驗檢疫、社會化服務以及災害救助等方面扶持農民和農業生產經營組織發展農業生產，提高農民的收入水平。在不與我國締結或加入的有關國際條約相抵觸的情況下，國家對農民實施收入支持政策，具體辦法由國務院制定。