科學發展觀強調以人為本，強調實現經濟社會全面、協調、 可持續發展。科學發展觀的提出，不僅會帶來經濟發展模式和經濟增長方式的根本轉變，也勢必帶來內部審計工作思路和工作重點的根本性轉變。積極開展效益審計，是 內部審計落實科學發展觀，及時更新、調整審計理念的最好體現。
樹立和落實科學發展觀，必須著力提高經濟增長的質量和效益，努力實現速度和結構、質量、效益相統壹，經濟發展和人口、資源、環境相協調，不斷保護和增強發展的可持續性，實現又快又好的發展。開展效益審計，正是在對經濟活動的經濟性、效率性和效果性進行綜合評價和考核的基礎上，從完善體制和創新制度的高度剖析審計中發現的問題，從有利於制度環境建設和建立長效 約束機制高度，有針對性地提出 審計建議，為完善體制和 制度創新提供重要的決策信息參考，促進建立有利於經濟社會和諧發展的 經濟環境。
效益審計是評價和考核經濟活動的效益性和經濟活動決策的科學性最直接、最有效的手段和工具。其內容包括考察經濟活動的真實性和合法性、經濟活動決策的科學合理性、經濟活動投入與產出的比例關系即經濟活動的效益性以及經濟活動的管理水平等。效益審計的最終目的是盡可能地減少資金的損失和浪費，最大限度地提高資金的使用效益。
效益審計考核的標準是資金使用效益的最大化。效益審計要對經濟活動的效果進行評價和考核，對影響經濟活動效果的所有因素進行綜合分析研究。開展效益審計，有助於從深層次對經濟活動存在的問題進行剖析，提出對策，幫助被審計單位在未來的經濟活動中建立防範措施、預警系統，從而提高管理水平和資金的使用效益，促進國民經濟的發展。
2.效益審計是建設節約型社會的必然選擇
建設節約型社會，要求在生產、流通、消費等領域，通過采取法律、經濟和行政等綜合性措施，提高資源利用效率，以最少的資源消耗獲得最大的 經濟效益，保障經濟社會和諧發展。這裏所說的節約應當包括兩層涵義：壹是在經濟運行中減少對資源的消耗；二是按照物品的特點進行適時、適量、適度的使用和消費，用盡量少的資源和能源獲得更大的經濟效益和 社會效益。
節約型社會首先是生產節約型社會，即節省原材料、能耗與 活勞動，降低 生產成本，不斷提高經濟效益的社會。建設節約型社會的核心就是要充分保護和合理利用各種資源，極大提高資源的利用效率。開展效益審計的基本目標和內容就是對被審計單位利用資源的經濟性、效率性和效果性進行綜合評價和考核，促進其以提高資源利用率為核心，通過調整結構、技術進步和加強管理等措施，大幅度減少資源消耗、降低廢物排放、提高生產率，盡可能的減少資源的損失和浪費，最大限度地提高被審計單位資源的使用效益。
節約型社會是嚴格管理、科學管理的社會。效益問題往往和管理水平有關，低下的管理水平不可能產生良好的效益。經濟活動中大量的損失浪費、效益低下、 國有資產流失以及 經濟犯罪、貪汙腐敗等問題，其根源就在於缺乏有效的管理和有效的監督制約機制。開展效益審計要從 內部控制和管理入手，通過對內部控制制度和 管理效能進行審計，發現管理方面存在的問題，找出管理中的薄弱環節，促進被審計單位改進管理，提高管理水平和管理效率，從而提高資源的使用效率，避免造成損失浪費等不良結果。
3.效益審計是內部審計的基本職責和優勢所在
李金華 審計長指出：內部審計有它自身的特色和個性。內部審計以效益審計和管理審計為主。內部審計的出發點和歸宿點是效益和管理，最後落實到提高效益，提高管理水平。內部審計的 定位應該是管理加效益。這壹科學定位從審計理念、審計思路、審計內容、 審計方法以及 審計目標、 審計手段等諸方面賦予內部審計以全新的內涵，符合全面貫徹科學發展觀和建設節約型社會的要求，為在社會主義市場經濟條件下推動我國內部審計事業的發展明確了目標、指明了方向。
管理加效益的定位，要求在審計理念上，要把 內部審計從監督檢查轉變到控制機制上來，從傳統的 財務收支審計逐步向以內部控制和 風險管理為導向的管理審計推進，充分發揮內部審計在健全內部控制機制、加強風險管理中的職能作用。
管理加效益的定位，要求內部審計的著眼點壹定要放在促進部門和單位加強管理、加強 內部控制和提高經濟效益，促進提高資源使用效益上。通過審計，找出內部管理方面存在的人力、物力、財力浪費和流失的漏洞，從加強管理入手，發現經營管理中出現的問題，提出切實可行的建議，使內部審計在促進加強科學管理、提高經濟效益中，發揮其他管理部門所不可替代的作用。
隨著傳統內部審計向現代內部審計的轉變，效益審計將逐步占據內部審計的主導地位，成為內部審計的基本職責和主要任務。內部審計由於植根於組織內部，對所在單位的狀況比較熟悉，在開展管理審計和效益審計方面具有得天獨厚的有利條件，在促進提高管理水平和加強內部控制方面具有更大的發展空間。
在推進內部審計全面轉型和發展的過程中，要不斷深化 管理審計，努力提升內部審計的層次和水平；積極開展效益審計，努力實現內部審計的增值。要通過對經濟運行情況和對資金使用效益情況的分析，揭示損失浪費和低效益的現象，針對管理不善、 決策失誤等原因造成的損失浪費，提出相應的審計建議和對策，完善 管理機制和監督制約機制，在促進企業的決策層、管理層正確進行 經營決策和科學管理、提高科學管理水平和提高經濟效益上發揮內部審計的作用。正如李金華審計長所說，內部審計在促進提高單位管理水平和內部控制建設方面是大有可為的。