改革開放以來，以家庭聯產承包責任制為基礎的農村經濟體制改革，極大地促進了農業和農村經濟的發展，在廣大農村形成了多層次貿、工、農綜合經營的格局。農村經濟發展的多層次，要求既要有以工商企業為主要服務對象的商業性金融機構，也要有主要為農戶服務的合作金融機構，還要有支持整個農業開發和農業技術進步、保證國家農副產品收購的政策性金融機構，以形成壹個能夠為農業和農村經濟發展提供及時、有效服務的金融體系。
目前，我國農村合作性、商業性和政策性金融機構都有不同程度的發展，在促進農業和農村經濟發展中發揮了重要作用。但是，由於各類金融機構相互間的關系沒有理順，沒有建立起合理的管理體制和良好的運行機制，農村金融體制還不適應農村經濟發展的需要。相當多的農村信用合作社（以下簡稱農村信用社）失去了合作性質，背離了主要為農民服務的發展方向；現行中國農業銀行領導管理農村信用社的體制，與其自身改革為商業銀行在諸多關系上難以理順；中國農業發展銀行營業機構設置不適應業務發展需要，支持農村經濟開發的能力較弱。因此，要進壹步深化農村金融體制改革。
農村金融體制改革的指導思想是，根據農業和農村經濟發展的客觀需要，圍繞“九五”計劃和2010年農業發展遠景目標，建立和完善以合作金融為基礎，商業性金融、政策性金融分工協作的農村金融體系；進壹步提高農村金融服務水平，增加對農業的投入，促進貿、工、農綜合經營，促進城鄉壹體化發展，促進農業和農村經濟的發展和對外開放。農村金融體制改革的重點是恢復農村信用社的合作性質，進壹步增強政策性金融的服務功能，充分發揮國有商業銀行的主導作用。農村金融體制改革是現有農村金融體制的自我完善，要堅持穩健過渡，分步實施，保持農村金融整體上的穩定性。在改革中，要不誤農時地做好各項金融服務工作。