北校區：是吉林工商學院的主校區，位於吉林市船營區船北路1696號，占地面積1350余畝。北校區建築面積近60萬平方米，教學科研設施齊備，圖書館藏書64萬冊，多功能體育館可容納1.5萬人同時進行體育活動。
南校區：位於吉林市船營區南兩城街2988號，占地面積640余畝。南校區主要是提供學生住宿和部分教學服務，設施齊全，近年來迅速發展。
船營校區：位於吉林市船營區雷波山風景區內，距離北校區15公裏。該校區用於生態農業、農村發展和農業科技創新等專業的教學、實習和科研，擁有世界級的農業觀光莊園和農業實驗基地。