1、高校的性質不同
二本類的高校以公辦高校為主，含有少量的民辦高校。三本高校基本都是獨立學院和民辦高校。
2、獲得的資助不同
公辦類高校都是可以獲得財政資助的，但是三本院校由於不是公辦性質的高校因此是獲得不了財政資助的。
3、社會任何度不同
二本高校由於大都是公辦高校，在中國公辦高校要比民辦高校社會認可度高很多。三本院校基本都是獨立院校和民辦高校，社會認可度不高。
4、招收學生的高考分數不同
現在有壹些地區已經將三本高校並入二本中進行招生，雖然這種舉措是想要讓三本院校得到更多的認可和發展，但是三本院校的考生的分數還是不高的。
就業的影響：
三本類高校的社會認可度不如二本院校高，因此在就業中會因為學歷收到壹些歧視。但是三本類院校的畢業證書和學位證書和其他高校都是壹樣的，都是受國家認可的。只要是專業知識掌握過硬，在找工作中還是同等對待的。