平行誌願投檔是按照分數高低排序，逐人逐分依次檢索投檔，總分相同的考生，按考試科目順序及分數高低排序後投檔，文科的科目順序為語文、外語、文科綜合、數學，理科的科目順序為數學外語、理科綜合、語文。
平行誌願投檔以分數優先，遵循誌願的原則投檔。例如吉林省的壹批A段就采取平行誌願投檔原則進行投檔。每名考生只有壹次檢索投檔機會。
平行誌願投檔註意事項
平行誌願投檔時按照“考生分數優先、遵循誌願順序”的原則，所謂“遵循誌願順序” 就是在完成考生的高考成績排序後，再依照考生填報的誌願順序依次檢索投檔，考生壹旦投檔，計算機不再檢索投檔排序在後面的誌願，不再進行投檔。
即使考生的成績超過了多所填報院校專業組的投檔線，也只能按填報的院校專業組順序檢索、檔案投到排在前面的院校專業組。所以，平行誌願是壹檔壹投，不是壹檔多投，考生每批次填報的多個平行誌願，最多只能投檔壹次，投檔到壹所高校的院校專業組。
在錄取過程中，考生投檔後如果因專業誌願填報不當或其他原因被院校退檔，則不會再補投其他院校專業組，只能參加填報征集誌願或下壹批次錄取。