由於受古典經濟學的影響，巴納德以前的組織理論偏重於專業分工和結構效率，對組織中的人員沒有足夠的重視。後來，霍桑等人開始關註人的行為，並提出了“非正式組織”的概念，但是，霍桑等人關註的焦點是人與人之間的社會關系和心理感受，對正式組織則視而不見，這正是組織理論的缺陷所在，巴納德從根本上改變了這壹缺陷。
協作是整個社會得以正常運轉的基本而又重要的前提條件。 社會的各種組織，不管它是政治的、軍事的、宗教的，還是企業的、學術的，都是壹個協作系統。而且 協作系統是壹個動態的過程，它的運營環境以及組成要素都在不斷地變化，因此協作系統也處於不斷的發展變化之中。
壹個協作系統是由許多個人組成的。 但個人只有在壹定的相互作用的社會關系之下，同其他人協作才能發揮作用。個人對於是否參加某壹協作系統（即組織）可以作出選擇。他們的這種選擇是以個人的目標、願望、推動力為依據的。而組織則通過其影響和控制的職能來協調和改變個人的行為和動機。但是，這種協調和改變並不總是能夠獲得成功，組織和個人的目標也不壹定總是能夠得到實現。
由於個人目標和組織目標的不壹致，巴納德提出了“效力”和“效率”這兩條原則 。他認為，每壹個正式的組織都有壹個既定的目標。 當這個組織系統協作得很成功時，它的目標就能夠實現。 這時，這個協作系統是有“效力”的。反之，如果這個組織的目標沒有實現，其協作系統壹定存在毛病，行將崩潰或瓦解。所以，系統的“效力”是系統存在的首要條件。至於系統的“效率”，是指系統成員個人目標的滿足程度。 協作“效率”則是個人效率綜合作用的結果。 如果壹個系統是無效率的，它就不可能是有效力的，因而也就不可能存在。這樣，巴納德就把正式組織的要求同個人的需要結合起來了。這個理論被西方管理學者譽為管理科學思想上的壹個重大突破，至今仍為許多人所信奉。
2. 組織平衡理論——社會系統理論的核心
組織就是壹個有意識地對人的活動或力量進行協調的體系。壹個組織的成立需要具有3個條件： ①能夠互相進行信息交流的人們；②這些人們願意作出貢獻；③實現壹個***同目的。 這3個條件構成了組織的3大要素，即 協作意願、***同目的和信息交流 。壹個組織的生存和發展則依賴於組織的內部平衡與外部適應和諧地綜合起來。巴納德這種組織平衡理論具有獨創性和遠見卓識。
巴納德指出：“ 組織的存在取決於協作系統平衡的維持。這種平衡開始時是組織內部的，是各種要素之間的比例，但最終和基本的是協作系統同其整個外界環境的平衡。 ”組織內部平衡，就是指組織為人們提供的誘因與人們為組織作出的犧牲保持平衡。如果“誘因”和“犧牲”失去平衡就會影響到組織的發展。這種平衡實質上是在要求組織內部各構成要素——協作意願、***同目標和信息交流之間的相互作用力量要彼此持平，這樣方能保證整個協作系統的健康發展。組織要使自己能夠長期存在，必須適時地給它的成員和可能的貢獻者提供有效的誘因，以刺激或激勵相關人員的協作意願。 巴納德認為，自我保存和自我滿足的利己動機是激發個人協作意願的重要力量，組織要想存在並長期維持，必須滿足個人的這些動機，除非它能夠改變這些動機。 而誘因正是滿足這些動機的最基本要素，誘因不恰當會導致組織解體、目的異化或協作失敗。 因此，提供恰當的誘因便成為管理的壹個重要任務。
巴納德的組織平衡論的基本出發點是個人參加組織的動機問題。個人為組織作出了犧牲，而 組織則為個人提供了誘因，組織與管理的全部活動，都圍繞著犧牲與誘因之間的平衡而展開。 組織中的壹切運轉機制和行為規則，來自於這種組織平衡。從組織平衡理論出發，巴納德筆下的組織，才真正成為由人構成的組織。以前組織理論裏面缺乏人的因素的韋伯式偏差，以及雖然重視了人但卻看不到正式組織的梅奧式偏差，都被巴納德從根本上糾正了。這是巴納德理論的意義所在，正是這種組織平衡論，成為後來影響頗大的西蒙組織行為理論（決策理論）的出發點。
3. 經理人員的職能
在壹個企業中，經理人員的作用就是在壹個正式組織中充任系統運轉的中心，並對組織成員的活動進行協調，指導組織的運轉，實現組織的目標。巴納德提出了經理人員須具備的三項基本職能，分別如下。
1 ）建立和維持信息交流系統
正式組織的復雜性使得有必要建立壹個信息交流系統。因為組織中的各個部分和要素必須聯結為壹個整體，***同的目標必須有明確的規定，並且讓組織的成員都接受，使活動的進展維持正常的順序，這些要求離開信息交流系統是不能很好地實現的。即使有溝通渠道，也應該是方便和直接的。這樣的信息系統也就是經理人員組織。 經理人員組織的建立包含確定經理人員的職務，以及找到合適的人來擔任這些職務，讓他們充分發揮他們的才能。
這樣的經理人員應該具備壹定的素質，他們要善於領會組織的整體性和復雜性，使組織中的各個部分協調地工作，這是經理人員最重要的品質 ；他們還必須領會到與組織有關的整個形勢和組織所承擔的責任，他們要忠於組織，要有勇氣、有判斷力，受到過專門的學習和訓練。由此可見，建立壹個這樣的信息系統是需要技巧的。
2 ）從組織成員那裏獲得必要的服務
這項職能主要指以下內容：招募和選拔能最好地作出貢獻並協調地進行工作的人員，以及采用巴納德稱之為“維持”的各種手段， 如“士氣”的維持，誘因的維持，監督、控制、檢查、教育、訓練等因素的維持，以此來維護協作系統的生命力。
3 ）提出和制定組織的目標
組織目標是整個組織存在的靈魂，也是組織奮鬥的方向。但是 組織的***同目標不是壹成不變的，它應當隨著組織規模的變化、人員的變化、外界環境的變化和發展而隨時調整。 組織目標制定的好壞對組織目標能否實現的作用也非常大。
制定組織目標的職能由單個經理人員是不可能完成的，這樣即使制定出來也是不會被成員所接受的，只有被接受的才能實現。
組織的整體目標要由各個部門的單獨的具體的目標來整合，這其實就是把組織的權力交給各個部門，讓所有的部門都接受組織的目標，相互聯系起來協調地實現組織的目標。這其實是“目標管理”思想的萌芽。
在制定組織目標時，應具備綜合性、總體性、清晰性、可分性和層次性等特點。 確定組織目標時應遵循靈活性與壹致性結合的原則，要有壹定的可能性，同時也要有壹定的挑戰性。
經理人員的3項職能並不是孤立的，而是整個組織的組成要素。 與其說這是壹種科學，倒不如說這是壹種藝術，他們不僅要決定各個部門采取的措施，還要從整體上來領會和平衡，來合理安排。在作壹項決定時，要綜合考慮對多個部門的影響，考慮到決定的好處，也要考慮到它的壞處。所以高層的經理們要有整體的系統的觀念，要在各個部門的利益之間找到最佳的平衡。
除了上述3個要素以外， 巴納德把決策和授權的職能也包括了進來。授權是壹種決策，這種決策包括所追求的目標和達到這個目標的手段兩個方面。 其結果是在協作系統內部對各種不同的權力和責任加以安排，以使組織的成員知道他們怎樣為所追求的目標作出貢獻。 至於決策本身，則包括兩個方面：分析和綜合。 分析是尋找能使組織目標得以實現的戰略因素；而綜合則是認識到組成壹個完整系統的各個要素或部分之間的相互關系。
4. 經理人員的權威——權威來自於下屬的接受
以往的權威概念是建立在某種等級序列或組織地位的基礎之上的。巴納德則強調 權威由作為下級的個人來決定，給予了壹種自下而上的解釋。如果經理人員的指示得到執行，則執行人身上就體現了權威的建立，如果沒有執行則說明他否定了這種權威。 巴納德提出了壹個“無差別區”的概念來解釋壹個組織怎麽才能夠在這種獨特的權威概念下進行工作。在這個無差別區中，每個人不允許提出有關權威的問題而必須接受命令。這個無差別區可大可小，這取決於組織對個人提供的誘因超過其負擔或犧牲的程度。
“地位權威”指的是，命令之所以被接受就是因為上級具有權威，而不管上級的個人能力如何；在另壹種情況下，命令之所以被接受是由於下級對某個人的個人能力的尊重和信任，而並不是因為他的級別或地位，巴納德把這叫作“領袖權威”。當地位權威與領袖權威結合在壹起時，無差別區就無比地寬廣。
巴納德反復強調使個人參加協作的重要性，認為只有在符合以下4項條件時個人才會認為上級的命令是有權威並可以接受的： 個人能夠並確實理解所傳達的命令；他們認為這個命令與組織目標是壹致的；他們認為從整體說來這個命令同他們的個人利益是壹致的；他們在精神上和體力上能遵守這個命令。
生活中我們經常發現這樣的現象： 同樣是領導，有的人在員工中的威信很高，他頒布的命令下屬會很盡心地去完成；有的領導則不然，員工們雖然在表面上不敢說什麽，但背後卻不執行他的指令。
這樣的差別就是由權威造成的。 權威高的領導者使員工從內心佩服他，願意為他工作，沒有權威的領導者則使員工背離他，對他產生厭惡、反感的情緒。 領導者要懂得建立權威的原則， 很重要的壹條就是不能發布無法執行或者不能執行的命令，這樣做只會削弱權威，影響員工的士氣。 當有些命令難以執行卻又必須發布時，領導人員要給予必要的教育和解釋，采用壹些積極的激勵措施，確保命令得到執行。
巴納德認為，領導者的領導行為包括三項內容：
（1）制定行動目標。 即依據組織的宗旨或任務制定自己的行動目標。 在制定目標以前，他應該集思廣益，善於聽取各個方面的意見。 但是，壹旦目標確定以後，就應該堅決實現。發揮組織領導能力。技術和專業知識固然重要，但更應該註意發揮組織領導和人際關系方面的能力。
（2）善於應用組織機構。 領導者的重要職責是 協調組織中的各項活動 ，而不是從事具體的技術工作或專業工作。
（3）積極發揮全體組織成員的積極性。 領導者的成績主要不是表現在他個人幹了多少，而是表現在能否把全體成員的積極性調動起來。
當壹個人被提升為管理者時，他的權力就具有了，但權威的建立，還是要靠他們自己。
他們要具有領導者的基本的品質，巴納德認為主要有以下幾點：
體力，特別是精神方面的活力和堅持力。 這當然要有壹定的身體健康為基礎，但兩者不能等同起來。主要還在於領導者精神和心理上的品質。領導者有了高度的活力和堅持力，才能承擔繁重的領導工作，取得豐富的知識和經驗，並表現出吸引群眾的個人魅力。
決斷力。 作決策是領導者的主要職能，作決策必須看準時機，當機立斷，不能猶豫不決，耽誤時機，而且決策還要正確。
處理人際關系的能力。 領導者的主要職能之壹是同人打交道。 這首先就需要了解人，理解對方的思想、心理和需求，這樣才能做好說服工作，使人願意參加組織並發揮積極性。 他們要善於同各種不同的人打交道，善於上下溝通。
高度的責任心。 領導者的權力很大，職責也很重，這些都要求領導者有高度的責任心，只有如此才能正確地使用權力，圓滿地完成職責。
高度的智力。 領導者要指引整個組織前進和處理各種重大的事務，所以，必須有高度的智力才能勝任。巴納德把智力放在領導者基本品質的最後，這是他在《經理人員的職能》壹書中反復強調的重視心理活動過程的必然表現。但放在最後，這並不意味著智力因素不重要，而是說首先要具備心理上的必要條件以後，再擁有高度的智力，才能做好領導。