12強賽的抽簽儀式將於2016年4月12日在吉隆坡亞足聯總部進行。12支球隊將根據2016年4月7日FIFA公布的國際足聯排名分成六檔，每檔2支球隊，然後將這些隊伍抽到A組和B組之中，簡而言之在亞足聯榜單排名前兩位的球隊將肯定不會同處壹個小組。12強賽十個比賽日分別是2016年9月1日、 9月6日、 10月6日、 10月11日和11月15日；以及2017年3月23日、3月28日、 6月8日、6月13日、 9月5日。
12強賽的12支球隊分為A和B兩個小組，每組六支球隊，進行主客場雙循環賽制。最終每個小組的前兩名***四支球隊將直接晉級2018年俄羅斯世界杯決賽圈，兩個小組第三將在2017年10月5日和10日10日進行主客場兩回合比賽，兩回合結果占優者將在2017年11月6日和11月14日與中北美地區的壹支隊伍爭奪壹個決賽圈入場券。