根據查詢南京大學研究生學院官網顯示，根據《南京大學博士學位論文答辯及學位申請簡明流程》得知，南京大學博士答辯及學位申請的流程分為三個部分：提交院系的材料，填寫教育部系統的學位信息表，提交研究生院學位辦的材料。
1.提交院系的材料主要包括：學位申請書（可使用電子簽名），線上答辯全程錄屏錄像和關鍵畫面截圖，學術成果清單（導師電子簽名），以及院系要求的其他材料。
2.填寫教育部系統的學位信息表需要在5月31日前完成，網址是教育部學位信息與學位信息采集系統，賬號為學號，初始密碼為證件號後6位。
3.提交研究生院學位辦的材料主要包括：學位論文終稿（PDF格式），在網上辦事大廳中查找“論文歸檔應用-學生提交版”提交；學術成果，在研究生學位管理系統的學術成果欄目填寫提交；博士學位論文評審材料，在研究生學位管理系統的學術成果模塊，以壹項成果的形式提交。