醫患雙方就賠償問題進行協商，達成壹致意見，雙方簽訂協議書，可以辦理公證或律師見證，並報衛生行政主管部門備案。
二是申請衛生行政部門處理。
當事人應當提出書面申請，並在知道或應當知道身體健康受到損害之日起1年內提出。
三是向人民法院起訴。
醫療糾紛可以不向衛生行政部門申請處理，直接向人民法院提起訴訟，以侵權為案由的，訴訟時效為1年，以違約為案由的，訴訟時效為2年，均自知道或應當知道自己的權益受到侵害之日起計算。
四是調解（第三方支持下協商解決）、仲裁（雙方同意仲裁）等。
1、訴訟。
嚴格的訴訟程序、最高的權威裁判和國家強制力的保證等因素使得訴訟在醫療糾紛的解決中始終占據著核心的地位。
然而訴訟的不足也顯而易見：醫療糾紛的專業化不可避免地造成醫療糾紛訴訟的拖延和高成本；醫療糾紛的重要證據是醫療事故鑒定結論，由於醫療事故鑒定委員會的行政級別對鑒定結論的效力有較大影響，致使重復鑒定，費時費錢；訴訟中原被告雙方互不信任，甚至互相敵視，嚴重破壞醫患關系。
2、行政裁決。
即是申請衛生行政部門處理。在2002年《醫療事故處理條例》出臺之前，由於醫療糾紛的民事性質定性在法律上未予明確，絕大部分醫療糾紛的解決方式都是采用的行政裁決。通過行政裁決解決醫療糾紛的優點主要是：其壹，快速方便。作為行業主管機關，衛生行政部門所具有的專業認知能力是其他糾紛解決機制所不具有的；其二，節約費用。衛生行政部門解決醫療糾紛是職權行為，費用較低；其三，效力較強。行政裁決壹經作出，就具有法律效力，具有強制性。 其四，對行政裁決的不服，可以通過行政復議或訴訟再次進行解決。