合同是否成立，取決於雙方當事人是否有訂立合同、達成協議的真實意思表示。在合同上加蓋公章只是表示訂立合同意思的方式之壹。
發生糾紛時，法院應根據雙方的協商過程、合同當事人的權限、後續履行、發票開具等情況，綜合判斷雙方是否存在，並向對方表示合同的真實意思。
雖然壹方主張在合同上加蓋的公章不是合同專用章或備案公章，但並不自動免除該方的合同義務和責任。
原因很多，常見的有。
1.雖然公章有瑕疵，但代表公司簽字的人是公司的法定代表人或負責人。即使他的簽字超越了公司的授權(合同相對人是善意的)，根據《合同法》第三十二條和第五十條的規定，他的簽字與公司印章具有同等效力。
2.雖然公章有瑕疵，但參與談判簽約的人是授權代理人。
3.雖然公章有瑕疵，但參與談判、簽約的人的行為構成了《合同法》第四十九條規定的表見代理。
4.公司公章管理混亂。除了備案公章，其實還有使用多個公章的習慣。
5.公司有財務專用章、技術專用章、合同專用章和其他專用章混用的做法。
另壹個類似的糾紛是由於合同的公章是公司采購部或項目部的公章，壹方以沒有加蓋公司公章為由主張不承擔合同責任。
壹般來說，對方在交易中應盡量避免使用部門公章而不是公司公章，但在建材銷售交易中使用項目部和采購部公章的情況並不少見。
這類糾紛所涉及的事實和法律問題與除合同專用章或備案公章以外的有印章的糾紛非常相似。詳見以下類似案例的要旨，此處不再贅述。
擴展數據:
《進出口商品檢驗法》第二十七條:偽造、變造商檢單證、封識、封識、質量認證標誌，構成犯罪的，比照刑法第壹百六十七條的規定，對直接責任人員追究刑事責任。
情節輕微的，由商檢機構處以罰款。
《野生動物保護法》第三十七條偽造、倒賣、轉讓特許獵捕證、狩獵證、馴養繁殖許可證或者允許進出口證明書的。
由野生動物行政主管部門或者工商行政管理部門吊銷證書，沒收違法所得，可以並處罰款。
偽造、倒賣特許獵捕證或者允許進出口證明書，情節嚴重，構成犯罪的，比照刑法第壹百六十七條的規定追究刑事責任。
對外貿易法第三十九條偽造、變造進出口原產地證明、進出口許可證的，依照刑法第壹百六十七條的規定追究刑事責任。
買賣進出口原產地證書、進口許可證或者偽造、變造的進出口原產地證書、進出口許可證的，依照刑法第壹百六十七條的規定追究刑事責任。？
單位犯前款罪的，對單位判處罰金，並對單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照或者比照刑法第壹百六十七條的規定追究刑事責任。
森林法第四十二條第二款偽造林木采伐許可證、木材運輸證、出口批準文件或者允許進出口證明書的，依法追究刑事責任。
《核出口制度條例》第十八條:偽造、變造或者買賣核出口許可證的，依法追究刑事責任。
百度百科-偽造、變造、買賣國家機關公文、證件、印章罪