協議上的簽名被按上了手印。合同有效嗎？

有效，如果合同已經生效，建議雙方協商。《民法典》第146條:行為人與相對人出於虛假意思實施的民事法律行為無效。以虛假意思表示隱匿的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。