001 雲霄飛車殺人事件，新壹和青梅竹馬的毛利蘭壹起去多羅碧加遊樂場玩，在乘坐雲霄飛車時遭遇了殺人事件。成功解決案件後，新壹跟蹤兩個神秘的黑衣男子，並目擊了壹名黑衣男子進行現金交易的現場，正當他全神貫註的時候，不料另壹名黑衣男子突然從背後出現，將新壹擊倒，並灌下了組織新開發的毒藥，新壹感覺自己的骨頭都要裂開了。。。
002 董事長千金綁架事件，在被警察救醒後，新壹發現自己的身體竟然退化到了幼年時期。新壹使阿笠博士相信自己就是變小了的新壹,隱姓埋名,小蘭來訪時靈機壹動取名為江戶川柯南蒙混了過去。為了獲得黑衣組織的情報，柯南借著小蘭父親是偵探之便，以寄養的身份住進了小蘭的家裏。
1997:
043 江戶川柯南誘拐事件，新壹的父母從博士處得知其變小，母親化裝成江戶川文代，父親化裝成暗夜公爵，偽裝成黑暗組織成員與柯南開玩笑。
048-049 外交官殺人事件 平次出場
1998:
096 走投無路的名偵探！連續2大殺人事件（精彩的特別篇，小蘭第二次懷疑柯南的身份，有希子和優作再次出場，絕對的超強陣容）
114-115 有氧潛水殺人事件（小五郎和妃的精彩表演，汗。小五郎非常認真地和英理說:等壹下我有話和妳說......）
1999:
128 黑暗組織10億元搶劫事件，因為之前與漫畫對應的“013奇怪的尋親殺人事件”被改編，因此動畫在這裏添了壹集，重新講述了灰原的姐姐宮野明美被琴酒所殺的情節，為之後灰原出現作鋪墊。通過GIN與宮野明美的對話我們得知，與僅僅是組織小卒的姐姐不同，宮野誌保是組織裏少數有頭腦的人之壹。
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件，組織代號SHERRY的宮野誌保因姐姐被殺以停止APTX4869研究的方式表示抗議，結果被組織囚禁在瓦斯室。絕望的她服下了藏著的APTX4969想要自殺，沒想到與新壹壹樣沒被毒死而身體縮小成兒童時期模樣，得以掙脫了手銬從垃圾信道逃了出來。因為她之前已經從對新壹家的調查中發現新壹也變小了，所以新壹成了她唯壹的希望，被阿笠所救並寄住博士家裏，以壹名轉校生的身份成為了柯南的同班同學和少年偵探團成員。柯南因此得知了導致他變小的藥的名字和大概信息，不過灰原卻暗示此藥原本的用途不是毒藥。灰原雖然隱藏了起來，但是組織卻沒有放棄尋找叛徒的努力，柯南與灰原也就從此卷入了對組織偵查與反偵察的大戲中。不過灰原好像也沒有透露更多組織的情報，此時的她對組織有著極度的恐懼感。
2000:
174 20年的殺意 新佛尼號連續殺人事件(2小時特別篇，蘭與和葉和好，傳說蘭是從這裏開始第三次懷疑柯南的身份)
188-193危命的復活，在這壹系列中，VERMOUTH假扮的新出已經當上了帝丹高中和帝丹小學的校醫。吃了灰原研制的解藥後柯南短暫的變回了新壹，並化妝成黑衣騎士與蘭見面，卻被化身為新出的VERMOUTH發現，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，這壹點可以從後來在朱蒂老師復制的照片那裏得到佐證。VERMOUTH這時確認了新壹沒有死，但是由於當時灰原假扮的柯南也在場，因此還沒猜到柯南=新壹。有人說朱蒂這時也在場，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂當時卻是在場，從227格鬥遊戲的陷阱（後篇），她對蘭誇獎舞會上的新壹“SO COOL”來看，那天她壹定見過新壹。（這時朱蒂就已經潛進了學校這件事本身也證明了另壹個事實，這時的新出就已經是VERMOUTH假扮的了。）可是除了那時有心調查新壹的VERMOUTH會特別拍下照片外，都不知道新壹是何方神聖的朱蒂怎麽會特別拍下這個素未謀面的小子的照片呢？因此，照片還是VERMOUTH拍的。
2001:
222-224 人魚又再度悲泣（和葉渴望永駐容顏，平次對和葉迷迷糊糊的話語，在表白嗎？為了救墜落懸崖平次和葉掉下去了？在這個宣傳長生不老的人魚小島上，簽名冊裏竟然有宮野誌保的名字，暗示著APTX4869並不是簡單的毒藥，它的研究無疑與長生有著千絲萬縷的聯系。）
253-254 本廳刑事戀愛物語4（佐藤相親了，對方居然是那個白鳥！兩人居然還打賭如果高木不能在日落之前趕來就訂婚！！而且有訂婚吻哦~最後雖然高木抓到了犯人，卻好像來不及趕去給佐藤解圍了。到底賭約的結果如何呢？）
2002:
263 大阪雙重迷案 浪花劍士與太閣之城（大阪慘案，平次柯南破獲13年前發生燒死屍體案件，平次爸也很帥...）
266-268情人節的真相，京極真也帶著黑色針織帽，被人看見，柯南以為是赤井，十分緊張。而小蘭則說她可能認識這個帶黑色針織帽的男人，引起了柯南的註意。
269-270犯罪的紀念品，破獲錄像帶殺人事件的時候，從高木那裏得知公車劫持案那天，毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。（後來據VERMOUTH說，偷竊毛利小五郎相關的所有案卷是讓人不知道她其實是在找新出壹個案子的記錄，她找新出案件的資料是為了瞞柯南等人，雖然FBI已經知曉她的真實身份，但為了不在與小蘭，柯南等歷經了案件的人的接觸中露出馬腳，她還是要掌握案件的資料，但沒想到是被改過的。再送回來是誤導FBI讓他們以為她留在日本的目的是與毛利偵探有關，從而讓FBI監視毛利事務所來暴露身份。）故事的最後有赤井監視毛利偵探所的畫面，表明了FBI果然將註意力轉向毛利，但給人以赤井監視柯南的的誤導。還有柯南本來想問蘭關於帶黑色針織帽的男人的事，但是最終沒有說出口。
271-272急忙掩飾的忽略，柯南又壹次在朱蒂面前破案。從朱蒂提醒蘭有無人跟蹤看，案卷被竊引起了FBI的警覺，朱蒂懷疑黑衣組織將對毛利不利。朱蒂在談話中用鴕鳥壹詞來形容柯南小孩卻有大人的智慧，並且提到了bureaus（事務所）代指FBI。（好像和後面出來的COMPANY代指CIA有點對應啊）本集結束時朱蒂說到了收割蘋果的時候了，暗示FBI要對VERMOUTH采取行動了。VERMOUTH發郵件給GIN，提到了“久藏”雪利酒，並且向打了叉的宮野誌保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。（本人推測此時VERMOUTH已經通過在《188-193危命的復活》系列中柯南暫時恢復新壹這壹事實聯想到誌保可能就在附近給柯南配置解藥，並且決定將其找出來加以消滅，她借助FBI監視診所的機會貼出了SHERRY的照片作為靶子，希望FBI幫她找出SHERRY。）
277-278英語教師VS西部名偵探，博士得知毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，於是請來平次幫助柯南。兩人分析偷盜案卷的人是想把某個人引出來的圈套，然後柯南又回顧了PISCO案件，懷疑克裏斯是他的同夥，並進壹步懷疑朱蒂=克裏絲。雖然兩人長相完全不同，但柯南知道克裏斯精於化裝。於是兩人去朱蒂的公寓試探，並拜托博士在網上調查克裏斯的資料。在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對朱蒂的試探未果。這壹集的重點就是最後在朱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南，蘭和舞會上的新壹的照片，並且照片上的字跡和VERMOUTH的壹模壹樣。按照後來的說法，這是朱蒂曾潛入新出醫院，發現相關的照片後復制的。不過當時這些照片的出現，顯然給了我們朱蒂=貝爾摩的的很大的誤導，還有她最喜歡喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。
2003:
304 震動的警視廳的1200萬人質（本人認為本集絕對為柯南中無關主線劇情中最精彩的壹集，可與前幾部劇場版媲美！！！）
309-311與黑暗組織接觸，案子的開頭柯南和蘭遇到了赤井秀壹，在談話中赤井提到了壹個表面堅強、暗地流淚的女孩。（估計應該是指宮野明美，他的女朋友。）有人提到，對赤井說蘭“經常”哭感到難以理解，其實這是因為赤井曾經監視過毛利偵探所，因此多次看見蘭暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇的事情，獲知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通過閱讀板倉的日記得知，黑衣組織委托其開發壹種危害人類的軟件，但他並未最終完成。柯南誘騙VODKA改時間交易，試圖冒充板倉與VODKA接頭，從而想得到他的指紋和行蹤的情報，不料即將成功之際，卻由於GIN的忽然出現而功虧壹簣，柯南還險些被發現，最後躲在儲物櫃裏才僥幸得脫。最後柯南和哀離開的時候，在附近的赤井和哀好像對彼此都有所感覺。
335-336東都顯影所的秘密，有希子回到日本，接偵探團去東都顯影所看電影。在路上有希子和柯南發現他們正在被人跟蹤，柯南認為跟蹤者不是沖著他就是沖著灰原來的，並且很有可能就是黑衣組織的人。其實後來得知是赤井手下的人在監視柯南等人，結尾處赤井還拍下了少年偵探團的照片，還看著哀說太像了，說明了FBI已經中了VERMOUTH的圈套，幫助她找到了變小的SHERRY。但是當時卻讓人覺得赤井很可疑。
338-339 4輛保時捷，開頭處柯南奇怪的騙博士說新出不在家，為什麽不對博士老實說出對新出的懷疑？但後來不明情況的博士還是找來了新出給小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式確認了哀就是SHERRY，並且在博士家裝了竊聽器，但是朱蒂同時也在場，所以那時我們將所有的懷疑都加到了朱蒂身上。結尾處VERMOUTH冷笑著用打火機燒掉了SHERRY的照片，並得意地自言自語道：“找到了……妳準備好了嗎？我來找妳了！”VERMOUTH要準備采取行動了，真是山雨欲來風滿樓啊。
340-341廁所隱藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父親宮野博士生前工作過的事物所，想從那裏得到壹些黑衣組織的資料以及灰原父母的行蹤。結果他們在廁所中找到了宮野明美放在那裏的灰原媽媽留給灰原的磁帶。這壹集透露了很多內容，開頭處柯南說了句“如果我的推理正確的話，我們應該已經不在人世了”，證明他已經知道新出是克裏斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已經暴露，正是不知道她為什麽還沒有采取行動。灰原找到了明美藏起來的錄音帶，她的母親的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而來。在她母親留給她的18歲生日末尾的話語中應該提到了某件驚人的事情，但是青山並沒有說明。結尾處，VERMOUTH邊從飛機場出來邊用手機通著電話，從談話中我們得知，她找來了壹個叫Calvados（蘋果酒）的組織成員，似乎是為她下壹步要采取的行動做的壹個重要部署。另外值得壹提的是，在灰原的夢中，青山已經給出了VERMOUTH究竟裝扮成了何人的暗示，眼睛沒問題的話，壹定就可以發現了。
343-344便利店的陰謀，柯南發現工藤宅子有人來過的痕跡，而且不是小蘭。朱蒂老師突然間辭去了帝丹高中英文教師的工作，說是想回美國了。（其實是要對VERMOUTH采取行動了）在告別派對上，小蘭無意間在朱蒂的衛生間的鏡子後面發現了朱蒂藏著的自己與柯南，灰原等人的照片，不禁疑雲頓生。這也促使她下壹集中偷偷躲在朱蒂後車廂裏想調查她究竟想做什麽。
2004:
345 與黑暗組織直面對決 滿月之夜的二元推理，
柯南收到了VERMOUTH寄來的邀請新壹去參加化妝舞會的信件，稱呼竟然是江戶川柯南！柯南知道自己的身份已經暴露並且決定開始行動，他壹方面邀請服部假扮新壹去參加化妝舞會，另壹方面用麻醉針麻醉灰原後假扮成她的樣子準備獨闖組織。來接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原來FBI也有自己的計劃，他們準備先VERMOUTH壹步接走灰原，引誘VERMOUTH跟蹤至碼頭，然後實施抓捕。（柯南這時應該不確定朱蒂和新出誰是VERMOUTH，而且他倆還有可能是壹夥的，所以他帶上了竊聽器）朱蒂在車上表明了FBI的身份後，柯南告訴了她新出壹案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此來揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同時是克裏斯賓雅德和莎龍賓雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH時，不料卻被埋伏的Calvados擊傷。原來VERMOUTH棋高壹著，她早就知道了FBI的抓捕計劃，提前化妝成朱蒂來到碼頭，命令埋伏的FBI探員撤退了。而且VERMOUTH對FBI監視新出診所也早已知曉，偷走案卷是為了引誘FBI暴露身份，貼出宮野誌保的照片是利用FBI尋找目標。正當朱蒂形勢危及時，另壹邊化妝的服部解決了舞會上的案子扯下了偽裝，柯南也撕下面具用麻醉針控制住了VERMOUTH，柯南的籌劃終於笑到了最後。但是這時風雲突變，擔心柯南安危的灰原利用備用的追蹤眼鏡忽然找來，反而破壞了柯南的大好計劃，VERMOUTH趁機用麻醉針射中了柯南，並把手槍對準了灰原！就在這形勢失控的時候，小蘭忽然從朱蒂車子的後備箱跳出保護了灰原，赤井也及時出現迫使VERMOUTH不得不以柯南為人質逃離了碼頭。正當VERMOUTH向BOSS發郵件報告時，忽然發現柯南身上有發信器，原來柯南留了壹手，他早料到VERMOUTH找到灰原後壹定會向BOSS報告。VERMOUTH不得不承認放棄SHERRY，為了避免BOSS的郵件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，並且朝自己開了壹槍以保持清醒，毀掉發信器後狼狽逃離了現場。
看點：1，新出的真實身份。青山最為經典的壹個騙局終於被揭開。原來Vermouth是新出而不是Juddie.當時有關柯南的所有論壇上真是壹片眼鏡跌碎聲。可是仔細想壹下，還真的壹點都挑不出紕漏來：《神秘乘客》中在劫匪面前維護柯南自然是因為新壹曾經救了他的命，看到了柯南寫給Juddie的借口紅的字條是因為他就坐在Juddie旁邊；《急忙掩飾的忽略》那集中Vermouth在故事結尾也談到了X，估計是那天她反跟蹤了Juddie，並聽到了Juddie和小蘭她們有關X的談話；《四輛保時捷》中得了感冒的灰原被好心辦壞事的博士送到了假新出的家中就診，Vermouth又豈有認不出灰原就是Sherry之理？本集中，Juddie手中Sherry的照片，估計是她什麽時候潛入假新出的家中翻拍的吧……
2，Juddie的真實身份。神秘的Juddie原來是個背負了血海深仇的大好人FBI！！
3，赤井的真實身份。原來也是FBI！並且似乎還是個對組織很有威脅的重要人物，因為他居然使得手下有著那麽壹幫精兵強將的組織BOSS認為有朝壹日他會成為終結組織的“銀色子彈”。此外，赤井在離開Juddie時說的那句話：“我現在還不能和那個茶發女孩（灰原）見面”究竟是為了什麽？他為何不能見灰原？他和灰原究竟有著怎樣的聯系呢？
4，蘭哀關系的壹個重大裏程碑。壹直對小蘭保持著距離，帶著輕微的敵意的灰原，在看到了小蘭奮不顧身的用生命保護自己時，竟在小蘭的身上看到了姐姐明美的影子。
5，Vermouth其人。看了這集以後，不知道大家會不會開始喜歡上Vermouth.她實在是個很難去讀懂的女人。首先我們可以知道，她至少已經有壹定年紀了。之所以還能保持年輕的面容，肯定是因為也服用了組織開發的藥而變得年輕了（問題是，這個藥是不是APTX4869呢？如果是，為什麽她吃了只會變得年輕而柯南他們則變小了呢？如果不是，那麽組織到底開發了幾種藥呢？）。可能這和她是BOSS的情人有關吧，BOSS需要她有年輕漂亮的面容。也許Vermouth正是厭倦了這種做試驗品做他人手中棋子的人生，改變壽命畢竟是逆天行事，會有報應嗎？幾十年的歲月自己卻沒有變老，鏡中的容顏究竟是真實的？還是虛幻的？而當她對這個世界對所謂的上帝天使徹底失去信心的時候，小蘭和柯南如同壹股溫暖的風輕輕撞開了她久久塵封的心房。小蘭救了她的命，而新壹則告訴她怎樣去做壹個人。Vermouth第壹次猶豫了起來，壹方面她無法改變自己為組織效力的命運，壹方面良心未泯的她則盡可能的保護著柯南和小蘭：她也許早就知道柯南就是新壹，至少從《神秘乘客》那集起就知道了，可她直到本集也始終沒有告訴Gin這個真相；她知道灰原的真實身份後沒有馬上動手沒有到博士家搶人而是費了老大的力氣搞了個派對想把柯南調開，是因為她知道柯南壹定會壹直保護著灰原，如果用強，柯南就會受傷；她看到Calvados用狙擊槍狙擊小蘭時方寸大亂，在高聲勸阻無效後，竟朝Calvados鳴槍以示警告，是因為在她眼裏，小蘭就是她在這個世界上朝她露出笑容的天使，她唯壹的天使……總之Vermouth是個很有悲劇色彩的人物，她雙手沾滿了鮮血，卻又似乎壹直在盼望著有人能來結束她和這個組織罪惡的靈魂。這樣的壞人，其實是最可憐的……
2005:
356 怪盜基德的驚異空中漫步（KIDD太帥了，竟然敢挑戰KIDD）
383 甲子園的奇跡！絕不能輸給看不見的惡魔（甲子園爆炸案）
385-387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音，通過對前兩次熟悉的手機按鍵音的分析，柯南確認了組織頭目的郵件地址中前四位與鳥取縣的區號相同，是0858，在詢問了擁有絕對樂感的羽賀響輔後，柯南得知了有這個曲調的歌曲正是《七個孩子》！
394奇異屋宇的大冒險，開始階段柯南分析黑衣組織是通過兒歌記憶BOSS的郵件地址的，這樣就可以避免儲存在手機裏了，並且推測出了被灰原成為潘多拉的魔盒的黑衣組織BOSS的真實郵件地址，卻因無法深入被灰原哀勸止。（莫非灰原早已知道了這個郵件地址？甚至BOSS的真實身份？她還有多少事瞞著柯南？）另外，KIDD還是那麽帥！
2006:
425 Black impact！被組織的魔掌觸碰的瞬間，通過忘記取回的竊聽器，柯南卻發現了驚天的大秘密！原來電視臺主持人水無憐奈也是黑衣組織的成員，柯南竊聽到了她和GIN等人的暗殺計劃，並成功阻止。不料琴酒發現水無鞋底的竊聽器，小五郎反而受到他們懷疑，危在旦夕。好在秀壹及時出現，擊傷了GIN，將裝竊聽器的勾當攬到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保護了毛利等人。代號KIR的水無憐奈在行動中受傷昏迷，被FBI送入杯戶中央醫院控制了起來。另外這壹集中柯南得知了布萊克也是FBI的人。
429-430無法回到從前的兩個人，本堂英佑出場，眼睛長的和水無很像，好像註意到了柯南通過毛利破案，這讓柯南感覺很不安，對本堂的身份產生了懷疑。
2007:
462-465 黑色組織的影子（本堂瑛佑實在可疑，拼命地再找水無）
484-485黑色照片的去向，服部調查水無未果，但意外發現本堂及其父親在大阪生活的情況，因為瑛佑小時候曾經和父親壹起去大阪的燒烤屋吃燒烤，其父和店長很談得來。然而店長已經去世，所以柯南、阿笠博士和灰原決定造訪住在東京的店長的孫子家，想從他那裏得到些本堂及其父親的情報。不料在這個模型愛好者西郡家裏遭遇了盜竊案件，成功解決後柯南他們終於看到了瑛佑無意間照的照片，照片上看到了瑛佑的父親，並了解到瑛佑的父親常和黑西裝的外國人打交道，並在Company（＝CIA）工作，曾打入過黑衣組織。
2008:
491-504 紅與黑的碰撞系列（秀壹......自己看吧）
508 KTV包房的死角（本堂瑛佑同時知道了柯南的真實身份，其中有壹段說本堂瑛佑要跟蘭告白，要柯南問新壹，但因為柯南的原因，沒告白成。）