前期以日本人為中心，日本人侵略朝鮮，朝鮮是元朝的臣子。對馬島、壹歧島、平戶島等地為主要居民，被韓國人稱為三島海盜。早期的倭寇對元匪有很高的報復意義，後來日本進入南北朝動蕩狀態時愈演愈烈。由於前期日本海賊破壞了日本與明朝和朝鮮的貿易，南北朝分裂後室町幕府受到打壓，以吞並貿易的方式進行獨占貿易。朝鮮開國君主李·李成桂因積極討伐日本海盜，取代高麗王朝建國。
早期以日本人為主體，所以被稱為“真盜”(以平戶的松浦家族為核心)。原因是韓國和日本的政治力量薄弱，這是日本海盜的條件。
已故日本海盜
明太祖成祖發動政變，奪取政權後遷都北京，南京的文健殘余勢力聯合倭寇勢力，在中國東南沿海進行報復性騷擾。因為這些南方人在體型上比北方人矮，所以“日本海盜”壹詞被用來指代日本人和中國南方人組成的海盜集團。
在明成祖成祖的晚年，由於北方來自陸地的威脅，鄭和下西洋後，海陸交流的激增也帶來了日益增多的日本入侵。於是實行禁海政策，只開放官方貿易。然而，嘉靖二年(公元1523年)，寧波暴動爆發，沿海治安多次陷入危機。明朝宣布暫停壹切貿易，希望通過遏制政策來減少日本人。
後來在發展中，反對明朝海禁政策的中國南方和朝鮮人，日本戰國時期九州戰敗的浪人，甚至法國人也參與其中。知望，中國人，是後期最著名的敵人。胡宗憲和戚繼光都參加了抗擊倭寇的軍事行動。
從15的半世紀到16的半世紀，其活動的舞臺在中國和東南亞沿海，成員以朝鮮人和韓國人為主，所以被稱為“假日本人”。這壹時期日本海賊發生的主要原因是明朝中國生產力的提高，但實行海禁政策。史書上看到的最後壹個敵人是1624年7月入侵福建沿海的。“推禍初起，正是從閩浙沿海開始，漢奸和日本人就是城市；但閩浙大姓無益，殷為主持，牽連成俗。當時的朝臣朱紈滿目瘡痍，被海禁嚴令。大家都不利，甚至是醜聞，萬都震驚死了。萬死了，海禁了，於是宋、、、徐海、曾軼本、徐恩之為日作戰。從淮陽以南到廣海壹萬多裏，沒有壹塊土地不被它破壞，福建的災難就開始慘了。”
此後，東亞的海上貿易活動
由於豐臣秀吉禁止八棱船(海盜禁令)的影響，日本海盜的活動開始減少，東亞的海上貿易也因此平靜了許多。支持反清運動的海上武裝集團，如鄭誌龍和鄭成功也存在，但他們不再被稱為敵人。
有效面積
日本海盜的基地包括對馬島、壹歧、平戶和五島諸島，以及中國、朝鮮半島和其他沿海島嶼、臺灣省島和海南島。在荷蘭人到達臺灣省之前，臺灣省也是日本海盜的據點。學者們的研究也證明，活躍在臺灣地區的日本海盜也是著名的海商或與日本在張泉地區進行貿易的海盜，而不是日本人。
參考資料:
《鄭誌龍傳》；老松堂的日本之行。