明嘉靖三十五年（1556年）文華會試第十八名，殿試登緒大綬榜二甲第五十名進士，試政吏曹，授南京兵部主事，遷郎中，遇事敢任。癸亥，晉湖廣按察司僉事，領提學道。乙醜，轉四川參議。戊辰，轉督桂學。明年參魯政，又明年擢贛藩。萬歷元年，轉河南左布政司，三年（1575年），升應天府尹。將之任，途次晉右副都禦史，巡撫廣西，討平陸東周塘板寨瑤叛亂。此間，他請賑恤，募墾荒，核田賦，均驛傳，招撫民眾，政績卓著。逾數年，轉刑部右侍郎，晉右都禦史，總督兩廣軍務，籌糧餉，除舊弊，嚴軍紀，平倭亂，撫諸黎，屢建奇勛。任中勤於政事，忠於職守，嚴禁貪暴，推薦人才，勸農種桑，修復水利，政聲雀噪，博“貞勤忠亮”之譽。萬歷十五年（1587年），任南京工部尚書，粵人建生祠以祀。大學士葉向高贊他“功垂社稷，澤被四陲”。數月後改任南京兵部尚書，參贊機務，正二品，位高爵顯。疏陳：練兵、葺械、選鋒、修城、重權、嚴警凡六事，上嘉納之。後三年庚寅率眾卿彈劾太監張鯨，上不聽，遂引疾請終養歸。仍起南京工部，力辭，虛位三年以待。吳文華歷官十九任，足跡遍及大半個中國。吳文華文武兼濟，其詩頗沿臺閣舊體，詩風豪放，在連邑詩壇極負盛名。尤嗜好書法，遺墨草書《千字文》帖，筆走龍蛇，有懷素之遺風。著有《督撫奏議》6卷、《留都疏稿》2卷、《讀史隨筆》10卷、《濟美堂全集》4卷、《濟美堂後集》五種，其文學曾壹時冠冕於連邑大地。摯友陳第評論他：“（容所公）學術極其端純，充養極其完粹，功業極其炳耀，操守極其廉貞，與夫文章翰墨妙絕當世。”