莎士比亞的生活中有兩個時期被稱為“迷失的歲月”。第壹個是大約1578-82年，即從他離開語法學校到與安妮·海瑟薇（Anne Hathaway）結婚之間的時間。他很可能住在斯特拉特福，可能是在他父親的學徒時期。他們的假設不是特別可信，他是威廉·沙克謝特利（William Shakeshafte）在1581年的蘭開斯特亞歷山大·霍頓（Alexander Houghton）遺囑中授予年金的。莎士比亞當時只有17歲，因此他不可能成為家庭成員足夠長的時間去繼承這樣壹筆遺產。
第二點，從1585年雙胞胎的出生到羅伯特·格林（Greene）在格林的《智商》（Groatsworth of Wit）中對他的襲擊，變得更加有趣，因為他正開始他的文學生涯。關於他所做的壹切的猜測沒有止境。有人聲稱他曾去過意大利，法國，愛爾蘭或美洲旅行，是壹名士兵，壹名水手，壹名律師，壹名教師。
許多更可信的假設都圍繞著莎士比亞是壹個隱性天主教徒的可能性。實際上，莎士比亞的宗教信仰是未知的，就像他的許多同時代人壹樣，他的信仰在他壹生中可能已經改變。但是，這是明確的天主教聯系。他的瑪麗（Mary Arden）出生於瑪麗·阿爾登（Mary Arden），聲稱與天主教阿爾登家族有親屬關系，並向天主教會宣告忠誠，並由他的父親約翰（John）親筆簽名，在他擁有的房屋的house架中被發現。
壹些為天主教理論辯護的人認為，他可能已經參加了該大陸的壹所英國天主教大學。天主教在英國不能公開實行，任何想當牧師的人都必須在專門為英國人建立的幾所天主教大學之壹中這樣做。這可以解釋莎士比亞對歐洲的認識。在羅馬朝聖者的來賓簿中還發現三個簽名，支持者認為這是莎士比亞的簽名：
1589年的“ Gulielmus Clerkue Stratfordiensis”被認為是“威廉，斯特拉特福德的店員”
1587年的“ Shfordus Cestriensis”被認為是“切斯特教區的斯特拉特福莎士比亞”
1585年的“ Arthurus Stratfordus Wigomniensis”被認為是指：“（國王）來自伍斯特教區的斯特拉特福德的亞瑟同胞”
莎士比亞在失落的歲月裏在做什麽？
也許最合理的假設是，他於1587年在斯特拉特福德（Stratford）演出時加入了皇後樂隊（Queen's Men）。該團短促地到達了斯特拉特福德（Stratford），因為它的男主角威廉·克內爾（William Knell）在牛津郡的Thame被同伴約翰·湯恩（John Towne）殺死。莎士比亞的戲劇《約翰王》，《李爾王》，《理查三世》，《亨利四世》和《亨利五世》兩部分似乎都是基於早期戲劇的創作，而這些戲劇都是女王男子劇目的壹部分。
當然，所有這些都是猜測，並且很可能仍將如此。