黑衣人的真正頭目是阿笠博士·多克，他壹直躲在他們周圍。李.
事情是這樣的，工藤優作懷疑並偵察了這個黑色組織。打著小說家的幌子秘密調查。發現壹些蛛絲馬跡後，他搬到黑組織頭目阿麗家隔壁居住，從小培養心儀，為了打探壹些信息，派心儀和阿麗相識。當阿裏開始懷疑工藤父子時，他想出了壹個致命的招數。他派金和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新壹。大家都看了第壹集。其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，所以新壹被他們變成了柯南。之後，阿裏自然成了心怡的同伴和監護人，柯南實際上成了阿裏手中的人質。當時辛屹父母第壹次出場的那集其實是和阿裏協商的，最後的結果是阿裏勒索他們和柯南壹起流亡瑞士。但是，再優秀的作品也不能告訴心怡真相，這讓心怡有被欺騙和傷害的感覺。我只能答應阿裏的要求，再也不回日本了，所以妳看到的優秀作品只在103集回了日本，而且還是偽裝的，所以阿裏找不到。
事實上，APTX-4689是由阿裏和海原艾的父母共同開發的，但在成功後，艾的父母意外去世。阿裏讓柯南活著只是為了看看這種藥還有沒有其他副作用。但突然有壹天，佑佐和雪子突然潛回日本，與柯南秘密接觸(第103-104集)，讓他感到了威脅，於是安排了壹個間諜時刻跟著柯南，也就是海原愛。人工智能實際上是APTX-4689的第壹個實驗。原始醫學的目的是永遠保持年輕。沒想到事與願違，產生了副作用，導致身材變小。柯南事件後，艾成為柯南身邊臥底的最佳人選。為什麽柯南從來沒有被騷擾過，是因為柯南其實壹直處於黑組織最厲害的老大的監視之下。毛利小五郎也從警察隊伍中退休了，因為他找到了阿裏。當時非裏事件的槍擊只是壹個借口，所以後來穆基說毛利人總是把他們引入歧途。
青山剛昌給了妳壹個提示，但很少有人能看到，因為它太晦澀了。事實上，阿裏這個詞，如果拆解成李阿祝語，在日語中反過來拼寫，就是拉丁語中的莫裏亞蒂。因此，阿笠博士實際上應該被稱為莫裏亞蒂教授——福爾摩斯中的邪惡教授。
柯南498字(特別兩個半小時)的結局，完全是揭示和感動。
沈睡的小五郎-醒醒！
柯南來到醫生家追蹤眼鏡，找到了艾的下落。柯南留下了壹張寫有所有內容的磁盤，讓醫生交給蘭，並決定自己面對黑組織。
但是磁盤被闖入醫生家的英語老師朱迪拿走了。原來她是美國聯邦調查局黑人組織上層安排的特工。阿笠博士用他的新發明——彈射椅欺騙了朱迪，逃過壹死，來到了毛利家。當正要把目前的情況告訴小五郎和蘭時，他發現坐在偵探社客廳裏的毛利竟然擺出了小五郎的睡姿！毛利人面前的筆記本上寫著“工藤新壹”、“柯南”、“黑人組織”等等。
原來毛利早就懷疑柯南了，每次合作扮演睡覺的角色，都是為了調查柯南的真實身份和整個事件。毛利在沈睡中展現了自己的真正實力，通過柯南留下的磁盤數據推斷出了黑組織的位置。
與此同時，美國聯邦調查局特工赤井秀壹來到她的同事朱迪的家裏，意外地發現了柯南的磁盤。他偷偷把磁盤帶回家。秀吉在解開密碼後看了柯南的自述和對整個事件的推理。他開始懷疑同事朱迪的身份，卻突然被人從背後打昏。
此時在米花鎮，放學回家的蘭在門口無意中聽到了小五郎和的對話，最終確定柯南就是新壹！在淚水中，蘭決心賭上自己的生命，與黑勢力拼個妳死我活，拯救心怡！