1，申請條件不同:重慶公租房申請條件為:申請人應年滿18周歲，在主城區有穩定工作和收入來源，有支付房租的能力，符合政府規定的收入限額，有人均住房建築面積低於13平方米的住房困難家庭，大學、中專、職校畢業後在城市有工作，以及從外地來主城區工作的無房人員但直系親屬有能力在主城區提供住房救助的除外。搖號公租房申請條件:在當地無住房或住房面積低於規定標準。收入和財產低於規定標準。如果申請人是外來務工人員，在當地有固定年限的穩定就業。
2.不同分配方式:公租房無搖號分配方式:申請家庭，申請人必須具有完全民事行為能力，年齡必須達到18及以上。本人、配偶及未成年子女在市區無自有產權住房，目前不享受公共租賃住房(含原廉租住房)保障。市民根據公布的房源向市民服務中心住房保障窗口提出申請，填寫意向登記表。經審核，符合條件的家庭在市民服務中心住房保障窗口按照資料受理順序和意向登記表進行現場選房。公共租賃住房搖號分配方式:先根據申請人首次在本市繳納醫療保險的時間確定輪候順序，再由市、縣級人民政府住房保障部門通過綜合評價、隨機抽簽等方式確定分配對象和分配順序。