當年，在北大國文系任教的名師中不少人都是個性鮮明，特立獨行，如魯迅與錢玄同、沈尹默和胡適、胡適與劉半農等之間就是關系復雜，互有成見，但是馬裕藻和他們的關系都頗好，這也許就是身為系主任應有的作為和襟懷吧。
例如，馬裕藻與魯迅相交最深，但他對與魯迅交惡的顧頡剛卻同樣禮遇。1929年顧頡剛的父親顧子虬過六十大壽時，正逢魯迅自上海返北平省親，顧頡剛本為馬裕藻的學生，馬裕藻卻親往顧府為顧子虬祝壽，並在顧府“壽序”上簽名。
在上個世紀二十年代，在北大紅樓裏，教授們普遍認為有兩位“好好先生”，壹位是校長蔡元培，另壹位便是國文系主任馬裕藻。實際上，這恰恰說明馬裕藻真正踐行了蔡元培治校的核心理念——“兼容並包”。
據說，馬裕藻任系主任時，家裏有個年輕人要報考北大。有壹次，不知是有意還是無意探問馬裕藻：“不知道今年國文會出哪類題？”馬主任頓時大怒：“妳是混蛋！想叫我告訴妳考題嗎？”
北平被占領時，有同學請他寫些字留作紀念。他卻說：“真對不起，現在國土淪陷，我忍辱偷生，絕不能寫什麽。將來國土光復，我壹定報答妳。”
學生張中行在與馬先生接觸日久之後，壹改先前對老師的認識：大家把他的寬厚看作無原則的遷就，其實，他律己很嚴，對人的遷就也僅限於禮讓。
北大評議會的許多教授，更是領教過他容易激怒的作風。在評議會上壹旦遇見不合理的意見，他總是大聲叱咤，壹點不留面子，與平常的態度截然兩樣。
馬裕藻的女兒馬玨她在回憶父親馬裕藻先生時說：“父親壹生別無所好，惟喜購書、讀書。我們家曾搬過兩次，每次覓房都有兩個要求：壹是要有足夠的書房，至少要有三四間，室內四周都是大書架，還有大書桌。再壹是離北大要近。父親除了上課以外，就是總在他的書房裏。他的藏書大多是用朱紅標點過的。讀書備課，這是他壹生最大的樂趣。父親去世後，按照他的心意，藏書(21000冊)獻給了北大圖書館。”
在日本留學期間，馬裕藻、陳德馨夫婦和陶成章等光復會同誌在東京小石川合租了壹所二層樓的房子，馬裕藻壹家住樓上，陶成章、徐錫麟、秋瑾、王金發、竺紹康五位住樓下。陳德馨、何香凝就讀的是日本目白女子大學，廖仲愷也在早稻田大學讀預科。直到1913年回國前，馬裕藻與章太炎、魯迅、陶成章、廖仲愷、何香凝、秋瑾、徐錫麟等許多反清革新派人物、光復會浙江籍仁人誌士始終交往密切，因此深受他們革命思想的影響。
馬裕藻與魯迅自1906年在日本***同師從太炎先生後就成了莫逆之交，壹生摯友。這是因為二人同是光復會會員，同在日本留學，同為章門弟子，同樣以文化教育報國為己任，***同與黑暗反動勢力進行了旗幟鮮明的鬥爭，壹生都與北大有著不解之緣。
蔡元培決定聘請魯迅進北大講課後，剛擔任國文系主任的馬裕藻親自將聘書送到魯迅家中。1920年8月6日，魯迅在日記裏記述：“六日晴。晚馬幼漁來送大學聘書。”當時北京大學聘任魯迅為國文系講師的聘書，講授中國小說史課。1923年後又被增聘為北京大學研究所國學門委員會委員。按當時北大規定，在政府部門兼職的教員只能受聘為講師而不得任教授。當年魯迅在北洋政府教育部社會教育司任職，故在北大就不能像他二弟周作人壹樣被聘為教授。但從校長蔡元培到國文系主任馬幼漁均十分器重魯迅，同時，這也是馬裕藻和魯迅在北京大學***事的開始。
1927年，轟轟烈烈的大革命中途夭折，國民政府遷都南京。北大教授、學生也呈分化趨勢，王世傑等教授以及羅家倫、段錫明等學生領袖到南京國民政府為官去了，許德珩、範文瀾等仍然為維護孫中山的三大政策而鬥爭，多數則遊離於兩派之間。
魯迅十分了解馬裕藻的為人，知道他有濃厚的愛國心和正義感，思想上傾向於進步壹方。所以，1929年（民國十八年）6月1日，魯迅在給許廣平的信中，感慨寫道：
南北統壹後，“正人君子”們樹倒猢猻散，離開北平，而他們的衣缽卻沒有帶走，被先前和他們戰鬥的有些人給拾去了。未改其原來面目者，據我所見，殆惟幼漁、兼士而已。
魯迅在北大任教時，馬裕藻是他最親近的同事之壹。據統計，《魯迅日記》提及馬裕藻及其家人的地方就有近200處，可見交往之密切。
特別是魯迅離開北平南下後，於1929年和1932年兩次從上海返京省親，看望母親時，相訪最多的就有馬裕藻。
如，1929年，魯迅在5月28日《日記》中記載：“晚訪幼漁，在其寓所夜飯，同坐為範文瀾君及幼漁之四子女。”
1932年，魯迅第二次返北平探望老母時，11月9日《日記》記載：“下午訪幼漁，見留夜飯，同席兼士、靜農、建功及其幼子，***七人”。又如11月18日《日記》記載：“十八日晴。晨得幼漁信。”。11月26日，在致許壽裳的信中又說：“曾見幼漁，曾詢兄之近況，……”。
自此，馬裕藻與魯迅已從章門弟子的“同窗”之情，發展到北京大學的“同仁”之誼，也進而形成了浙江寧波馬氏和紹興周氏兩大家族中北大人之間的世交。
1936年，魯迅逝世。蔡元培在上海領銜魯迅治喪委員會，他悼魯迅的挽聯是：“著作最嚴謹，非徒中國小說史；遺言太沈痛，莫作空頭文學家”。馬裕藻也寫了壹副意味深長的挽聯，其聯雲:
豫才尊兄千古
熱烈情緒冷酷文章直筆遙師菿漢閣
清任高風均平理想同心深契樂亭君
弟馬裕藻敬挽
此後，馬裕藻和蔡元培還為第壹套《魯迅全集》的出版費盡心力。由於魯迅生前的著作多由上海北新書局出版，故其出版《魯迅全集》最有優勢。但由於北新書局曾因版稅糾紛與魯迅對簿公堂，許廣平和魯迅先生紀念委員會認為此次由其出版《魯迅全集》已“必不可靠”，希望當時中國出版界的龍頭老大商務印書館促成好事，於是就請蔡元培、馬裕藻、許壽裳、胡適出面與王雲五接洽。但由於北新書局拒絕讓出版權，商務印書館出版《魯迅全集》的計劃落空了。在日寇入侵、國民黨政府遷都重慶、上海出現新聞出版控制縫隙的情況下，許廣平與魯迅先生紀念委員會決定由上海復社以民間的方式運作出版全集。編輯出版《魯迅全集》是壹項浩大工程，在最盛時期，胡愈之、蔡元培、馬裕藻、許壽裳、沈兼士、茅盾、周作人等近百人參與到編輯委員會的工作中。1938年5月至8月，在禁出紅色書籍的上海孤島，600萬字、20卷的《魯迅全集》陸續出版。1938版《魯迅全集》僅用了四個月時間完成，效率之高，在今天看來亦頗不易，而其影響廣大，至今無與倫比，其中也飽含了眾多敬仰魯迅的同道者的心血和努力。
1917年，蔡元培主政北大之始，就聘請陳獨秀為文科學長，並請陳致函胡適，邀請胡適來北大任教。同年9月，胡適回國，任北大教授，時年二十六歲。
馬裕藻比胡適大13歲，海外留學經歷方面，馬裕藻是留日的，胡適是留美的，思想觀念、人生經歷應有“代溝”，但巧的是，馬裕藻和胡適都推崇清代學者、思想家戴震。
馬裕藻當年在北大國學門多次作過《戴東原對於古音學的貢獻》的學術講座，後發表於《國學季刊》，胡適則寫過《戴東原之哲學》壹書。既然均喜戴學，馬、胡二人便壹唱壹和，***同宣揚起戴東原的學說。謝光堯先生在《紅樓壹角》中認為，“戴東原之在北大顯靈，是馬、胡二位對戴學解剖之故。”
馬裕藻對胡適在治學方面的主張非常推崇。當胡適在新文化運動的高潮中提出“整理國故”的口號，得到了馬裕藻等北大學者紛紛響應。蔡元培在《我在北京大學的經歷》中回憶，胡適就“壹方面與沈尹默、兼士兄弟，錢玄同、馬幼漁、劉半農諸君以新方法整理國故，壹方面整理英文系。”
查《胡適日記全集》，有28處提到馬裕藻，除聚會宴飲、日常談天外，也有不少學術交流。如1922年2月4日的日記中說：“我疑心徐積余刻的《隨菴叢書》中的菉斐軒《詞林韻釋》不是宋時之物，已作書問玄同了。今天幼漁來，我又問他此事，他也說此書至早是元時之書。”
兩人在藏書方面也有不少互贈互借的交往。如胡適1923年12月16日的日記：“訪馬幼漁，借得萬載辛啟泰輯刻的《辛稼軒集鈔存》壹部，焦循《雕菇樓集》壹部。”1934年3月27日日記寫道：“馬幼漁來談，借去我的《墨辯新詁》稿本三冊。”
北京大學圖書館收藏的《紅樓夢》“東觀閣原本”第二頁中，留有胡適的題記：“紅樓夢的版本之學可算是我提倡出來的，我先得程乙本，始知尚有程甲本，程甲本很難得，馬幼漁先生藏有此本，今年他慨然贈送給我，我歡喜極了，故托北京松筠閣重加裝鑲，並記於此。胡適。十八、五、廿四晨四時。”在該書目錄的結尾，也有馬裕藻的題記：“民國十八年二月二日敬贈適之尊兄。”現存北大圖書館的胡適藏書中，至少有8種是馬裕藻贈送胡適的。在北大圖書館馬裕藻藏書中，有壹冊《秋蟪吟館詩鈔》，書衣有馬裕藻題記：“胡君適之所贈，民國十年三月十六日裕藻識。”
此外，胡適與馬裕藻也有不少書信來往，收入《胡適遺稿及秘藏書信》的，就有八封。
胡適對馬裕藻任國文系主任的壹些舉措也非常贊成，曾給予高度肯定。如他在北大國文系演講《中國文學的過去與來路》時指出：“馬幼漁先生在中國文學系設文學講演壹科，可謂開歷來的新紀元，……”
但是，馬裕藻和胡適也有不同之處。馬裕藻和胡適曾經同為中國民權保障同盟北平分會負責人，但胡適的主張卻多不合民權保障同盟宗旨，馬裕藻則認為遵守同盟的宗旨是重大是非問題，與胡適頗有分歧。後來，胡適被同盟除名了。
1932年，胡適任北大文學院院長，1934年，接任了馬裕藻的北大國文系主任之職。馬裕藻很平和地退下這長達十四年的系主任職位，仍當教授研究和講授文字學、音韻學。
1935年，馬裕藻因高血壓及腦動脈硬化而中風，病情非常危急，當時胡適對馬裕藻照顧格外周到，經常來家和馬裕藻的夫人陳德馨商量治病方案，並請協和醫院最負盛名的魏毓麟大夫親自到家中為馬裕藻診治直至痊愈。值得壹提的是，胡適早年在治病方面也曾得到馬裕藻的幫助。他在《題陸仲安秋室研經圖》中，介紹了自己1920年秋天生病，西醫沒有治好，“後來幸得馬幼漁先生介紹我給陸仲安先生診看。”病竟然好了。
北平淪陷後，錢玄同和夏康農兩位同事常來馬裕藻家相訪，給閉門不出的馬裕藻以極大安慰。
錢玄同早年和馬裕藻在日本東京壹道聽章太炎講“小學”，壹道研究文字學和音韻學，民初又壹道進京，同為北大教授，是馬裕藻交往了幾十年的摯友。
夏康農曾留法勤工儉學並參加過大革命，當時他有壹臺短波收音機能聽到抗戰後方的廣播。當平型關、臺兒莊大捷的喜訊傳來時，他就邀馬裕藻到他家秘密聽廣播，他們為抗戰的每壹捷報歡欣鼓舞，兩人常常促膝談到深夜。
馬裕藻很註重提攜後學。馬裕藻長女馬玨記得，“與父親經常往來，往往暢談至深夜而毫無倦色的有錢玄同、魯迅、沈尹默、周作人、劉半農、陳百年等，常聽他談起的得意門生有範文瀾、陸穎明等。”
馬裕藻和胡適、錢玄同、周作人等教授對顧頡剛很是認同，遂著意提攜。顧頡剛在1921年1月12日的日記中記載：“幼漁先生要我任國文系參考室管理事，守常先生與我商量兼任，因兼任中文目錄編纂事。”同年4月13日的日記又寫道：“昨幼漁先生來，不知何事。今日往，乃聞吾將歸，特為挽留，謂開課有望，無論如何總等至暑假。”
魏建功先生也是得益於馬裕藻、沈兼士、錢玄同、黎錦熙等教授的指點和教誨，終成語文大家。在《魏建功文集》中，他專門收入了自己與章太炎、馬裕藻、錢玄同、劉半農、朱希祖等諸師的合影，並在自序中寫道：“
等到聽了沈師及馬幼漁（裕藻）師、錢玄同師許多時講以後，對於文字語言的古今中外的關系就很想要給他打通，由這個打通的意義上就愈加想說出個實在來。”