歷史上的鄚州大廟位於鄚州城北約 2.5 公裏處。原建築座北朝南 , 由正殿三皇殿 、 東配殿扁鵲祠 、 西配殿文昌廟組成 , 四周築有紅色圍墻 , 高約 2.5 米 , 整個大廟南北長 250 米 , 東西寬 450 米 , 總面積 157000 平方米 , 占地 230 畝 , 連同香火地在內***有 400 余畝。圍墻南面建有三座高大的山門，每座山門各有三個門洞，全部為磚石結構，門洞內頂部無梁，呈覆釜型，俗稱“鍋底碹”，各山門前額嵌有長條石匾，上刻各廟的名稱，並都冠以“敕建”二字，山門建築堅固，高大宏偉，構思奇巧，遠處望去，甚是壯觀。正殿三皇廟門前豎有華表，表身雕有蟠龍，做工極為精細，龍身飛舞，大有躍然騰空之勢。山門前有鐵獅壹對，穿過山門，即入廟內，迎面有五彩琉璃影壁壹座，正殿前有亭試焚香爐，兩側有數次重修之紀念碑，正殿供奉皇帝、神農、伏羲的塑像 ; 西配殿文昌廟供奉文昌帝君 ; 東配殿扁鵲祠又稱藥王廟，供奉神醫扁鵲。
鄚州大廟整個建築重檐飛翹，紅墻綠瓦，畫棟雕梁，彩椽回廊，交相輝映，莊嚴肅穆，宏偉壯觀。
鄚州大廟史建於元朝，據《任丘縣誌》記載：“扁鵲祠，元人達魯花赤野仙乞實迷兒進義建。初建時僅有壹間很小的扁鵲祠。 1965 年白洋澱開卡時，在大廟遺址附近挖出壹間小廟，並有壹塊刻有“扁鵲祠”字樣的石碑。
明世宗嘉靖年間任丘知縣周佑、王齊重修，天啟年間奉敕重建。另據《禦州重修鄚州藥王廟碑》和《敕建三皇殿碑》兩碑文所載：藥王廟建自先朝，重修藥王廟是在大明萬歷十二年三月經始迄五月畢工，添造三皇殿，則是在大明萬歷十九年八月初十日動工，越二年至萬歷二十壹年歲次癸巳十月初十竣工。在竣工之後，神宗又敕令興辦鄚州廟會，召天下人前來趕會。起廟第壹年，大太監魏忠賢曾陪伴皇太後和皇姑前來降香，廟會因此逐漸興盛，聞名全國，甚至千百裏以外的“善男信女”也來廟燒香，爬香還願者接踵摩肩。每逢廟會，香火沖天，趕廟客商更遍及全國，如川廣雲貴的珍貴藥材、湖廣的刺繡、江浙的綢緞、瀏陽的夏布、四川的油漆、湖筆、微墨及江南的土特產品竹器、涼貨、皮毛氈毯、東北的人參、鹿茸、內蒙的哈拉呢絨都來鄚州大廟會集散。每年農歷的二月底三月初，各路客商即雲集鄚州，大街上貨品招牌林立，橫幅淩空，各種商品堆積如山，連京津巨賈也多到廟會進貨。所以當時從鄚州到大廟數裏之遙，商業布蓬搭成街道，遮天蔽日，車馬輻輳，人聲鼎沸，客商們從來到走***三個月的時間。像這樣繁榮景象壹直持續了數百年，其中最盛時期是清康熙年間，當時社會穩定，經濟繁榮，廟會也就盛況空前，當時鄚州城內設有三街六市，即興隆街、中和街、廣益街、藥材市、珠寶玉器市、騾馬市、南貨市、棉線市、百藝市，城西壹裏許有賽馬場、西北角有大型騾馬市、城北則是群藝聚集之所，直至大廟，人山人海，如康熙南遊時隨從著高士其著《南行扈從錄》中就有：“從鄚州至大廟，蘆鵬不見天日”的記載。《任丘縣誌》中也有“諸貨鱗集、起福扳贊者接踵摩肩”的記述。據傳，在廟會期間，曾幾次把井水喝幹，牲口都要到七裏外的白洋澱邊去飲水，村裏人挑壹擔水來上廟，則能賣十幾文錢。附近各村的水井，都有人看守，不然就會影響本村人做飯用水，其繁盛景象，可見壹斑。因此，“北京人全，鄚州貨全”“天下大廟數鄚州”之說，至今膾炙人口，流傳不衰。
鄚州廟幾度重修，也數次毀於火，據《任丘縣誌》記載的由三次：第壹次是康熙戊午年（公元 1678 年），第二次是康熙 56 年（公元 1717 年），第三次是乾隆 53 年（公元 1790 年），此次火勢最大。
後據《京畿誌》記載：鄉醫許希為乾隆醫好頑癥，乾隆欲賞賜許希，許希叩頭謝恩後，又向南叩首，乾隆問其故 , 希曰：“鄉民之醫術，皆從扁鵲 《難經》八十壹篇中所學，豈敢忘本，現扁鵲祠焚損，望聖上復修之。”乾隆準奏，即發帑銀重建。
直至 1928 年，任丘縣長邵鴻基倡導“拉神像，廢私塾，興學堂。”才將十大名醫全部拉倒，在百姓請求下，把扁鵲的塑像保留下來。 1936 年，山東軍閥韓復榘因母病還願，又重新塑像彩畫壹次。
鄚州廟幾遭厄運， 1947 年尚存三大山門，後因保存失當，已蕩然無存，只剩壹片廢墟，現僅存石碑壹座，且已斷裂，但遺址尚可辨認。
為弘揚民族文化，發展旅遊事業，振興任丘經濟，同時也為紀念春秋戰國時期的我國名醫祖——扁鵲，讓歷史古跡為現代經濟服務，經過充分的考察論證，任丘市決定重修鄚州大廟 。並於 1992 年年底完成了壹期工程 —— 扁鵲祠 , 新建的扁鵲祠位於鄚州城北約 2 公裏的古州村西 , 毗鄰風景秀麗的白洋澱， 106 國道、任雄公路和京九鐵路從其側畔經過，附近有皇城、勝家寨、勝英墓等名勝古跡。新建的扁鵲祠東西寬 80 米，南北長 250 米，占地 30 畝，總投資 600 萬元 , 由正殿、東西配殿、宮門和山門組成，正殿采用中檐歇山式明代建築格式，殿裏供奉神醫扁鵲，兩旁有侍童相陪，兩側是八組扁鵲行醫的塑像，活靈活現，栩栩如生。東西配殿是王叔和、張仲景、雷太已、淳於意、皇甫謐 、 華佗、孫思邈、韓普濟、葛稚川、劉守珍歷代十大名醫塑像。