1、時間跨度不同
魏晉：公元220年—420年。
南北朝：公元420年—589年。
六朝：公元222年–589年。
2、朝代不同
魏晉：魏晉中“魏”指的是三國北方政權曹魏，而“晉”指的是司馬氏建立的晉朝。
南北朝：南朝（420年—589年）有劉宋、南齊、南梁、南陳四朝。北朝（439年—581年）則包含北魏、東魏、西魏、北齊和北周五朝。
六朝：即孫吳（或稱東吳、三國吳）、東晉、南朝宋（或稱劉宋）、南朝齊（或稱蕭齊）、南朝梁、南朝陳這六個朝代。六朝京師均是南京（孫吳時期名為建業，西晉司馬鄴稱帝後為避諱，改名建康）。
3、時代特征不同
魏晉：
魏晉是中國歷史上政權更叠頻繁的時期。由於長期的封建割據和連綿不斷的戰爭，使這壹時期中國文化的發展受到特別的影響。其突出表現則是玄學的興起、佛教的輸入、道教的勃興及波斯、希臘文化的羼入。這壹時期儒學的發展及孔子的形象和歷史地位等問題也趨於復雜化。
南北朝：
出現民族大融合的趨勢，比如北魏孝文帝改革，進壹步加速少數民族封建化（漢化）的步伐。
六朝：
北方政權林立、戰亂頻仍的時候，江南地區因遠離戰場而比較安定，北方人口大量南遷使南方經濟在六朝時期得到發展。
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