主要的區別在於模式上的不同
模式壹般分兩種：Compatible和Enhanced。
從中文意思上來理解，也就是“兼容模式“和“增強模式”。
有兩個選項:Compatibility和 enhanced
enhanced是將硬盤當作壹個SATA設備，可以，插拔，可以獲得更好的性能。
Compatibility是兼容模式，可以在沒有SATA驅動程序（比如安裝win2000，使用效率原磁盤檢測工具）的時候提供對硬盤的支持，兼容性好,但是性能有所損失。
這兩個模式都是支持linux的，除了上面所說的區別外，還有就是在安裝好系統後不能再次調整模式，否則無法啟動。
1.在安裝Win7、Win8、Linux系統時，出現找不到硬盤的情況。
實際上這就是SATA工作模式沒有調節好。
壹般來說，壹些比較老的操作系統對SATA硬盤支持度非常低。
在安裝系統之前，壹定要將SATA的模式設置成Compatible。
2.Compatible模式時SATA接口可以直接映射到IDE通道，也就是SATA硬盤被識別成IDE硬盤，Enhanced模式就是增強模式。
3.每壹個設備擁有自己的SATA通道，不占用IDE通道。
適合Windows VISTA ?Win7、Win8、Win8.1、Win10的操作系統安裝。
擴展資料：
先以華碩的P4C800為例，這款主板芯片組為i865PE，南橋為ICH5/ICH5R。
進到BIOS後，選擇Main下的IDE Configuration Menu。
在Onboard IDE Operate Mode下面可以選擇兩種IDE操作模式。
兼容模式和增強模式(Compatible Mode和Enhanced Mode)。
其中兼容模式Compatible Mode，可以理解為把SATA硬盤端口映射到並口IDE通道的相應端口，當妳選擇這種模式時在下面的IDE Port Settings中會有三個選項。
1.Primary P-ATA+S-ATA：並行IDE硬盤占據IDE0+1的主通道(Primary IDE Channel)。
2.串行SATA硬盤占據IDE2+3的從通道(Secondary IDE Channel)。
也就是說這時主板上的第二個並行IDE接口對應的端口不可用。
3.Secondary P-ATA+S-ATA。
與上面正相反，此時主板第壹個並行IDE接口(Primary P-ATA)上對應的端口不可用，因為給SATA硬盤占用了。
4.P-ATA Ports Only：屏蔽了串行SATA硬盤接口，只能使用並行接口設備。
前兩種模式中，主板上的SATA1接口自動對應IDE通道中的主盤位置，SATA2接口自動對應IDE通道中的從盤位置。
當選擇模式為增強模式Enhanced Mode時，其下的端口設置的字樣變為Enhanced Mode Supports On，其中也有三個選項：
1.P-ATA+S-ATA：並行和串行硬盤並存模式，此時SATA和PATA通道都相互獨立互不幹擾。
理論上4個P-ATA和2個S-ATA可同時接6個設備，實際上得根據不同主板而定，有的南橋芯片就只支持4個ATA設備。
此時SATA1口硬盤對應Third IDE Master(第三IDE通道主盤)，SATA2口硬盤對應Fourth IDE Master(第四IDE通道主盤)。
2.S-ATA：串行硬盤增強模式，此時理論上支持4個串行硬盤，但還得看主板的支持情況(如果是ICH5R芯片組如P4P800。
想組RAID模式，則必須要選擇此項，並將Configure S-ATA as RAID項設為Yes，S-ATA BOOTROM項設為Enable。
設置後BIOS自動檢測的時候按“Ctrl+I”進行RAID設置)。
3.P-ATA：其實還是壹種映射模式，SATA硬盤占據的是第壹個IDE通道。
SATA1口對應第壹個通道的主盤，SATA2口對應第壹個通道的從盤。
百度百科-SATA硬盤